第二章生物分子数据库.pptVIP

EntrezGene全文报告页面（后部分）第23页，共54页，星期日，2025年，2月5日GenBank核酸序列提交第24页，共54页，星期日，2025年，2月5日第25页，共54页，星期日，2025年，2月5日第26页，共54页，星期日，2025年，2月5日第27页，共54页，星期日，2025年，2月5日欧洲生物信息学研究所（EBI），是欧洲分子生物学实验室（EMBL）的一部分，EMBL-EBIEMBL-EBI的许多数据库是生物学家们熟知的，包括：EMBL-Bank（DNA和RNA序列）、Ensemble（基因组）、ArrayExpress（基于微阵列的基因表达数据）、UniProt（蛋白质序列）、InterPro（蛋白家族、域和基序）、Reactome（传导通路）和ChEBI（小分子），新的资源帮助研究者不仅了解构成生物体的分子部件，还了解这些部件是如何组合构成系统的。二、EBI简介/EBML数据库第28页，共54页，星期日，2025年，2月5日第29页，共54页，星期日，2025年，2月5日SRS集成检索系统第30页，共54页，星期日，2025年，2月5日SRS快速文本检索窗口第31页，共54页，星期日，2025年，2月5日SRS检索结果页面显示的检索结果第32页，共54页，星期日，2025年，2月5日SRS蛋白质记录详细内容页面第33页，共54页，星期日，2025年，2月5日三、DDBJ数据库日本DNA数据库DDBJ(DNADataBankofJapan)，于1984年建立，与NCBI的GenBank，EBI的EMBL数据库共同组成国际DNA数据库。他们开发了SQmateh工具，用来有哪些信誉好的足球投注网站基因或蛋白质中短的碱基或氨基酸序列区域，并建立了简便且易操作的SOAP(simpleobjectaeeessprotoco1)服务器。DDBJ主要收集来自日本研究者获得的序列数据，但也收集数据和发放编号给任何其他国家的研究者。第34页，共54页，星期日，2025年，2月5日第35页，共54页，星期日，2025年，2月5日第三节蛋白质数据库随着分子生物学的发展，人们获得了越来越多关于蛋白质序列、结构和功能的信息。世界各国的生物学家和计算机科学家合作利用这些信息构建了蛋白质序列数据库、蛋白质三维结构数据库、蛋白质组数据库（二维凝胶电泳数据库）、信号传导及蛋白质-蛋白质相互作用相关数据库、DNA和蛋白质相互作用数据库等蛋白质相关数据库。第36页，共54页，星期日，2025年，2月5日常用的蛋白质序列数据库：PIRMIPSSwiss-Prot（trEMBL）Present：UniProt数据库仓库第37页，共54页，星期日，2025年，2月5日蛋白质功能、结构域和蛋白质家族有关的数据库：PROSITEInterProPfamProDomSMART等第38页，共54页，星期日，2025年，2月5日第1页，共54页，星期日，2025年，2月5日第一节引言生物分子数据高速增长分子生物学及相关领域研究人员迅速获得必威体育精装版实验数据建立生物分子数据库第2页，共54页，星期日，2025年，2月5日数据库记录(entry,item)通常包括两部分原始数据(序列组成等)对这些数据进行的生物学意义的注释一个数据库通常链接了多个相关数据库核苷酸数据库－水稻抗病相关基因OsDR8DQ176424Taxonomy数据库Pubmed数据库NCBI-Protein数据库其他数据库Cross-Reference第3页，共54页，星期日，2025年，2月5日第4页，共54页，星期日，2025年，2月5日生物分子数据库分类一级数据库（有冗余）数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释二级数据库（专业数据库）对原始生物分子数据进行整理、分类的结果，是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的第5页，共54页，星期日，2025年，2月5日第6页，共54页，星期日，2025年，2月5日常用的生物分子数据库三大核酸序列数据库：Genbank、EMBL、DDBJ特殊类型的核酸序列数据库：非编码RNA数据库（ncRNA）、表达序列标签数据库（dbEST）、miRNA、tRNAdb蛋白质序列数据库：PIR、SWIS-PROT、MIPS核酸和蛋白质三维结构数据库：核苷酸三维结构数据库（NDB）、普纳大学核酸结构数据库（BNASDB）、蛋白质结构数据库（PDB,MMDB）