豹纹鳃棘鲈生长差异分化相关lncRNA与mRNA加权基因共表达网络分析.pdfVIP

第46卷第1期渔业科学进展Vol.46,No.1

2025年2月PROGRESSINFISHERYSCIENCESFeb.,2025

DOI:10.19663/j.issn2095-9869.20240305001/

高进,刘金叶,陈傅晓,王永波,符书源.豹纹鳃棘鲈生长差异分化相关lncRNA与mRNA加权基因共表达网络分析.渔业

科学进展,2025,46(1):46–58

GAOJ,LIUJY,CHENFX,WANGYB,FUSY.Weightedgeneco-expressionnetworkofgrowthdifferentiation-related

lncRNAsandmRNAsinPlectropomusleopardus.ProgressinFisherySciences,2025,46(1):46–58

豹纹鳃棘鲈生长差异分化相关lncRNA与

mRNA加权基因共表达网络分析*

高进1,2刘金叶1,3陈傅晓1,2,3王永波1,2符书源1,2,3①

(1.海南省海洋与渔业科学院海南海口571126；2.海南热带海洋学院崖州湾创新研究院

海南三亚572025；3.海南省热带海水养殖工程技术研究中心海南海口571126)

摘要为揭示豹纹鳃棘鲈(Plectropomusleopardus)生长差异分化的分子调控作用机制，该研究利

用豹纹鳃棘鲈中间培育过程中不同生长阶段(42、70和91日龄)的18个幼鱼肌肉组织样本进行全转

录组测序，获得lncRNA和mRNA基因表达谱数据，采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法

构建生长差异分化相关lncRNA和mRNA的共表达网络。通过特异性基因模块中差异表达基因的

GO和KEGG富集对模块生物学功能进行分析，运用Cytoscape软件构建基因互作网络，挖掘豹纹

鳃棘鲈生长差异分化相关的关键候选基因。结果显示，基因差异表达分析共筛选到6252个差异表

达mRNA和367个差异表达lncRNA；共表达网络分析获得MEmagenta、MEgreenyellow和MEblack

共3个生长差异分化特异性基因模块；GO和KEGG富集分析显示，特异性模块中差异表达基因显

著富集于肌肉蛋白形成、横纹肌组织发育调控、主轴组织形成等生物学过程，参与了蛋白酶体、肌

动蛋白细胞骨架调控及肌醇磷酸代谢等与生长差异分化相关的代谢通路；筛选3个特异性模块中权

重和连通度高的lncRNA和mRNA构建基因互作网络，得到包括psmd6、nmt1、als2、brcc3、kank1、

ada12、at131和hdac3等在内的生长差异分化关键基因和MSTRG.15660、MSTRG.8694、MSTRG.1896

等20个lncRNA，为进一步解析豹纹鳃棘鲈生长差异分化的分子机制提供了新思路。

关键词豹纹鳃棘鲈；生长差异分化；WGCNA；共表达网络

中图分类号S917.4文献标识码A文章编号2095-9869(2025)01-0046-13

豹纹鳃棘鲈(Plectropomusleopardus)，俗称东星会进行“标粗”，并筛选生长差异显著的“鱼头”、“鱼

斑，是石斑鱼类中的高端养殖品种。与大多数石斑鱼中”和“鱼尾”，在分筛鱼苗后按照不同的体型规格

类一样，豹纹鳃棘鲈的人工育苗和中间培育需要历经分别培育(彭树锋等,2012)，一定程度上提高了鱼苗

鱼苗分筛和饵料驯化，此过程中同一批次的仔鱼、稚成活率并缩短了整体养殖周期。然而，“