NIST -SAXS - A - FOLD 一个用于快速系综建模的网站 SAXS-A-FOLD - A Website for Fast Ensemble Modeling Optimizing the Fit of AlphaFold or User-Supplied Protein Structures with Flexible Regions to SAXS Data.docxVIP

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2025-07-22 发布于北京
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J.Appl.Cryst.(2025).58/10.1107/S16005767250035901of16

computerprograms

ISSN1600-5767

Received17January2025

Accepted22April2025

EditedbyU.Jeng,NSRRC,Taiwan

Thisarticleispartofacollectionofarticlesrelatedtothe19thInternationalSmall-AngleScatteringConference(SAS2024)inTaipei,Taiwan.

Keywords:small-angleX-rayscattering;SAXS;AlphaFold;ensemblemodeling;protein

structures;structuralflexibility.

Supportinginformation:thisarticlehas

supportinginformationat/j

图恩OPN?Access

PublishedunderaCCBY4.0licence

SAXS-A-FOLD:awebsiteforfastensemble

modelingoptimizingthefitofAlphaFoldoruser-suppliedproteinstructureswithflexibleregionsto

SAXSdata

EmreBrookes,a*JosephE.Curtis,bAaronHouseholdercandMattiaRoccod

aDepartmentofChemistryandBiochemistry,UniversityofMontana,32CampusDrive,Missoula,Montana59812,USA,bNISTCenterforNeutronResearch,NationalInstituteofStandardsandTechnology,Gaithersburg,Maryland20878,USA,cDepartmentofComputerScience,UniversityofCentralFlorida,4000CentralFloridaBlvd,Orlando,Florida32816,USA,anddProteomicaeSpettrometriadiMassa,IRCCSOspedalePoliclinicoSanMartino,LargoR.Benzi10,Genova16132,Italy.*Correspondencee-mail:emre.brookes@

AIprogramssuchasAlphaFold(AF)arehavingamajorimpactonstructuralbiology.However,predictedunstructuredregions,thearrangementoflinker-connecteddomainsandtheirconformationalchangesinresponsetoenviron-mentalvariablespresentchallengesthatarenoteasilydealtwithonpurelycomputationalgrounds.Anapproachthatusespredicted(orsolved)proteinmodules/domainslinkedbypotentiallyunstructuredregionsandthatgeneratesensemblesofmodelsoptimizedagainstsmall-angleX-rayscattering(SAXS)datahasbeenrecently