浅谈系统发育分析及进化树制作.pptxVIP

浅谈系统发育分析及进化树制作; 人类偏肺病毒的确认;分子系统发育分析; ;;;基因树和物种树;物种树; 人类偏肺病毒的确认;SARS“新”型冠状病毒;找到建树目的基因(基因组) 进行多序列比对;Distance-based methods 基于距离的方法 Unweightedpair group method using arithmetic average (UPGMA) 非加权分组平均法 Minimum evolution(ME)最小进化方法 Neighbor joining(NJ)邻位归并法 Character-based methods 基于特征的方法 Maximum parsimony(MP)最大简约法 Maximum likelihood method(ML)最大似然法 计算速度 距离法 最大简约法 最大似然法 ;基于距离的方法 首先通过各个物种之间的比较,依照一定的假设(进化距离模型)推导得出分类群之间的进化距离,构建一个进化距离矩阵。进化树的构建则是基于这个矩阵中的进化距离关系。 基于特征的方法 不计算序列间的距离,而是将序列中有差异的位点作为单独的特征,并依照这些特征来建树。;系统发育树构建的分析过程 ;ClustalX (序列比对软件) ModeltestMrModeltest(碱基替换模型筛选软件) PHYLIP MEGA PHYML PAUP BEAST Figtree (树形显示软件) TreeView (树形显示软件) ;用截然不同的距离矩阵法与简约法分析一个数据集,假如能够产生相似的系统发生树,如此的树能够认为是可靠的 用Bootstrap(自展法)检验 ;从排列的多序列中随机有放回的抽取某一列,构成相同长度的新的排列序列 重复上面的过程,得到多组新的序列 对这些新的序列进行建树,再观察这些树与原始树是否有差异,以此评价建树的可靠性 一般Bootstrap重复取样次数要大于100(一般文章要求1000),依照每个分支在不同此取样时出现的频率赋予该分支一个百分比。 假如严格依照统计学概念,该百分比要大于95％采认为该分支的较为可信。在实际应用中该值大于75％就认为可信,细菌等相似度更大的分类中,大于50%就能够认为可信。;A、重新取样(100-1000 time)、;B、 每组取样重建进化树、;C、 计算各分支出现的可信度; 得到CA16 VP1序列,利用MEGA软件进行处理和分析序列: 1)用MEGA软件对多序列进行比对,建立MEGA软件构建进化树的数据格式(两端对齐,fasta格式输出); 2)用N-J法构建基因进化树; 3)对所构建的进化树进行加工处理。 ;实例讲解:(建立肠道病毒CA16 VP1的基因树);实例讲解:(建立肠道病毒CA16 VP1的基因树);实例讲解:(建立肠道病毒CA16 VP1的基因树);实例讲解:(建立肠道病毒CA16 VP1的基因树);实例讲解:(建立肠道病毒CA16 VP1的基因树);实例讲解:(建立肠道病毒CA16 VP1的基因树);实例讲解:(建立肠道病毒CA16 VP1的基因树);实例讲解:(建立肠道病毒CA16 VP1的基因树);实例讲解:(建立肠道病毒CA16 VP1的基因树);实例讲解:(建立肠道病毒CA16 VP1的基因树);实例讲解:(建立肠道病毒CA16 VP1的基因树);实例讲解:(建立肠道病毒CA16 VP1的基因树);实例讲解:(建立肠道病毒CA16 VP1的基因树);实例讲解:(建立肠道病毒CA16 VP1的基因树);实例讲解:(建立肠道病毒CA16 VP1的基因树);37;38;39;40;感谢您的聆听！