【国自然专刊六】基金申请书研究方案的万宝全书.pdfVIP

对大部分不熟悉基础实验的医生而言，基金的研究方案堪称痛苦，篇幅又长， 似乎任务艰巨。但对于酸菜这种玩分子生物学的职业选手，研究方案虽然字数多， 但基本两三个小时就可以搞定，而且一下子码那么多字，东抄一句，西拼一段， 颇为轻松。什么！你所有实验方案都是自己原创？好吧，大神，不要闹，参考英 文文献的实验方案和参数也是“抄”啦，But who cares？ Make it clear ，医学部的基金追求实验设计的精妙绝伦可谓走火入魔，即 使研究方案确有过人之处，也往往会被评审专家忽视，你想想有几个专家是做实 验出身的？评审基金的关注点一直都是工作基础和思路，哪有空研究实验如何分 组、检测什么指标和用什么仪器？所以酸菜写基金，研究方案只求稳妥，不求惊 世骇俗，倒也不曾被人质疑过学术能力。解螺旋/ 第六话：基金申请书研究方案的万宝全书 谈及研究内容和研究目标的时候，我们已总结了课题的研究范畴，研究方案 的小标题是完全可以据此归纳的，依然可以从临床、细胞、动物和分子四个层次 进行设计，划分为3-4 个部分。解螺旋/ 1、探讨X 的表达与临床因素及预后的相关性，明确临床意义 需要考虑收集什么样本，应用什么实验方法，检测什么指标，最后如何统计 数据。尤其是外科医生，找上几百例标本，做做免疫组化的蛋白检测，然后多因 素分析、生存分析，套路是比较熟悉的，我提供一篇例文，不赘述了。（找一篇 典型的文献，下载好PDF 版） 2、阐明X 的功能角色，理解X 表达改变与疾病相关内在原因 功能表型的研究一般以细胞模型为平台，将细胞分为对照和病理模型两种， 或者模型上增加干预因素（加药或分子操作），然后利用一些检测方法和数据指 标来评估研究对象的变化。肿瘤研究之所以火热，很大程度上是因为大量稳定的 细胞、动物模型以及观察指标的试剂盒，比如凋亡可以用TUNNEL 和AnnexinV 的试剂盒，转移可以用Transwell 实验检测，一样有试剂盒，无需操心建立方法 学的难题。根据Robert A. Weinberg 在2011 年那篇里程碑综述Hallmarks of Cancer: The Next Generation ，肿瘤有以下典型的生物学行为：①维持增殖 信号；②逃避生长抑制；③侵袭与转移；④无限复制能力；⑤诱导血管新生；⑥ 抵抗细胞死亡；⑦免疫逃逸；⑧能量代谢失调；⑨基因组不稳定与突变；⑩炎- 癌转化，相应的常用检测方法列举如下：解螺旋/ 请补充 （只需要索引，不要解释每一种方法） 上述观察指标中，常用的动物模型有： 动物模型的建立和观察可以作 为一节内容单独呈现，也可与细胞合并作为功能学研究一起放在实验方案中。 3、解析X 发挥作用的分子机制，从而回答X 如何调节功能的问题 分子机制是国自然研究内容的重头戏，自然也是研究方案中突破的关键，往 往占到至少一半的工作量。医生们写到这一部分的时候经常感觉抓耳挠腮，无从 下手。我觉得梳理分子机制的话可以再读一读解螺旋的一篇文章（中心法则XXX ， 直接回复数字XX），从中寻找灵感。解螺旋/ 说起来并不复杂，从 DNA 到RNA ，我们称之为转录，从RNA 到蛋白，称 之为翻译，经常被研究的机制模式主要有①X 影响Y 从 DNA 到 RNA 的转录； ②X 影响Y 的RNA 转录后调控；③X 影响Y 从RNA 到蛋白的翻译过程；④X 影 响Y 翻译后的修饰。上述这些调控都能够最终导致 Y 蛋白（功能的执行单位） 发生表达或活性的改变，最终影响功能。解螺旋/ 第一种模式中最令研究者痴迷的是一类叫转录因子的分子，因为能够调控多 个基因的转录过程，被认为像开关一样的存在，如果你所研究的靶分子据报道有 DNA 结合的结构域和转录因子活性，那么你的分子机制研究方案无疑要围绕如 何筛选和鉴定靶分子能够结合的DNA 序列以及调控的下游分子。 第二种模式目前非常火热，因为发现了很多转录后调控的分子机制，比如 miRNA ，ncRNA 等等，而本身 RNA 成熟也需要在前体之上的加工和剪切。我 想今年写lncRNA 的小伙伴肯定不少，所以对于一个基因的mRNA 因为与其他 RNA 分子结合导致翻译抑制的机制，你们应该有兴趣，我也推荐一篇文献，可 参考其中的一些研究设计（加一篇decoy 模式的文献，下载PDF 版）。别忘了， lncRNA 也可以直接调节转录或者翻译过程，按图索骥吧。 第三种模式同第一种类似，这类分子称为翻译因子