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MLST应用实例五：副溶血弧菌菌群结构特征分析 谢 谢 无法区分：分离株有相同的带型，包括条带的数目和位置。这些分离株为同一菌株。 高度相关：如果PFGE带型仅有因一次基因事件引起的带型变化，这些菌株就被定义为高度相关菌株。这些仅有两到三个条带变化的情况常见于反复传代以及从同一病人中多次分离的菌株。 可能相关：PFGE带型与爆发菌株带型变化有两个独立的基因事件引起的条带变化。（通常是4到6个条带的变化）。这些分离株可能是遗传上相关的，但是并不是紧密相关的，其流行病学关系也并不紧密。 这样的突变常见于分离自较长的时间段（大于等于6个月）或者是大规模延伸爆发的病人中。 无关：三个独立的基因事件引起的条带变化（7个或者是以上的条带变化）。 PFGE结果判读：TENOVER原则 TENOVER原则的前提：菌株是同一暴发期间分离的 关于分型方法使用的建议 暴发调查 所有菌株进行PFGE，挑选代表菌株进行MLST；对于细菌特异性引物PCR扩增阳性的标本未能分离菌株的，进行MLST分型。 个案调查 所有菌株进行PFGE和MLST分型；对于细菌特异性引物PCR扩增阳性的标本未能分离菌株的，进行MLST分型。 全国范围的、长期的流行情况调查 所有菌株进行PFGE，挑选代表菌株进行MLST分型。 肺炎克雷伯菌院内感染鉴别 ST-11 暴发相关菌株 健康携带本底菌株 健康携带本底菌株 流脑暴发调查 流脑菌株总携带率：28.3％ 暴发相关菌株携带率：15.7% 谢 谢 THANK YOU SUCCESS * * 可编辑 * * ICDC, China CDC ICDC, China CDC ICDC, China CDC ICDC, China CDC ICDC, China CDC ICDC, China CDC ICDC, China CDC ICDC, China CDC ICDC, China CDC ICDC, China CDC ICDC, China CDC ICDC, China CDC ICDC, China CDC 可编辑 可编辑 MLST方法原理及应用介绍 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所 传染病预防控制国家重点实验室 周海健 分型方法 分辨力 分型力 可重复性 可比性 操作难易程度 一次实验周期 实验通量 实验费用* 核糖体分型（Ribotyping） 好 好 好 中等 一般 一天 小 低 随机扩增PCR（RAPD） 一般 好 一般 中等 容易 一天 大 低 扩增片段长度多态性（AFLP） 较好 较好 好 中等 一般 两天 中等 中等 多位点序列分型（MLST） 一般 好 好 好 一般 两天 大 高 脉冲场凝胶电泳（PFGE） 较好 较好 较好 较好 一般 两天 小 中等 多位点串联重复序列（MLVA） 较好 较好 较好 较好 一般 一天 大 低 常用细菌分子分型方法的比较 分子分型主要的三种实验数据形式 1. 图像数据： 脉冲场凝胶电泳（PFGE) 随机扩增多态性DNA分析（RAPD) 扩增片断长度多态性分析（AFLP） 核糖体分型（Ribotyping） 2. 分类数据： 多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA） 多位点序列分析（MLST） 单碱基核苷酸多态性分析（SNP） 3. 序列数据： 全基因测序 特异基因、基因簇测序（如军团菌的mip基因测序、脑膜炎奈瑟菌的PorA和FetA分型、16s rRNA基因测序） 分型的三个层次 相似度比较（Pairwise similarities） 种群结构分析（Population modelling） 遗传进化关系分析（Evolutionary modelling） PFGE: 引起两株细菌分型数据不同的遗产事件 MLVA：VNTR位点滑链突变 MLST：管家基因的点突变 大片段的插入、缺失、重组等 酶切位点的点突变 质粒的获得、丢失 MLST基本原理 菌株编号 abcZ adk aroE fumC gdh pdhC pgm MLST型 NM201101 1 1 2 1 3 2 19 ST-7 NM201102 2 3 4 3 8 4 6 ST-11 NM201103 2 3 4 3 8 4 6 ST-11 NM201104 222 3 58 275 30 5 255 ST-4821 细菌染色体 abcZ 测序结果 1 2 3 222 222 222 DNA提取 管家基因扩增 分离鉴定 标本采集 可靠的序列 MLST分