第五章 药用植物分子鉴定PPT.ppt

RAPD缺点： 显性遗传，不能识别杂合子位点，这使得遗传分析相对复杂，在基因定位、作连锁遗传图时，会因显性遮盖作用而使计算位点间遗传距离的准确性下降； RAPD对反应条件相当敏感，包括模板浓度、Mg2+浓度，所以实验的稳定性和重复性差。 在RAPD和RFLP技术基础上建立了SCAR(Sequence characterized amplified regions，序列特异性扩增区域)，CPAS(Cleaved polymorphic amplified sequence，酶切扩增多态序列)和DAF(DNA amplified fingerprints，DNA扩增指纹)等标记技术。这些技术的出现，进一步丰富和完善了第一代分子标记，增加了DNA多态性的研究手段。 3. SSR 标记技术 SSR原理： 在真核生物基因组中存在许多非编码的重复序列，如重复单位长度在15～65个核苷酸的小卫星DNA，重复单位长度在2～6个核苷酸的微卫星DNA。 小卫星和微卫星DNA分布于整个基因组的不同位点。由于重复单位的大小和序列不同以及拷贝数不同,从而构成丰富的长度多态性。 定义：SSR （全称为简单序列长度多态性标记）也称微卫星DNA，是一类由几个(多为1～5个) 碱基组成的基序串联重复而成的DNA 序列，其中最常见的是双核苷酸重复，即(CA) n和(TG) n，每个微卫星DNA 的核心序列结构相同，重复单位数目10～60个，其高度多态性主要来源于串联数目的不同。 根据微卫星重复序列两端的特定短序列设计引物，通过PCR反应扩增微卫星片段。由于核心序列重复数目不同，因而扩增出不同长度的PCR产物，这是检测DNA 多态性的一种有效方法。 微卫星序列在群体中通常具有很高的多态性，而且一般为共显性，因此是一类很好的分子标记。 SSR原理示意图 SSR：以2－6个碱基为单位的短重复序列 CAAGATCTTGGATTCTTCTTCTTCTTCTTCCGTACATCAGATAG |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| CAAGATCTTGGATTCTTCTTCTTC......CGTACATCAGATAG 上游引物 下游引物 SSR 长度（重复数）容易产生变异 相对保守 相对保守 SSR的检测 SSR标记的优点 在基因组中数量丰富，分布较均匀 存在复等位基因，多态性水平较高 一般表现为共显性，信息完整 基于PCR技术，简单方便 SSR标记的缺点 开发成本高，需知道基因组序列，只有全基因组已完成测序的植物才能方便地开发。 4. ISSR（SSR间区） 在SSR序列上设计引物 PCR检测相邻SSR位点之间区段的长度多态性 稳定性比RAPD好 SSR SSR 上游引物 下游引物 SNP原理： SNP主要是指在基因组水平上由于单个核苷酸的变异所引起的DNA 序列多态性。也即SNP 是同一物种不同个体间染色体上遗传密码单个碱基的变化。 主要表现为基因组核苷酸水平上的变异引起的DNA序列多态性，包括单碱基的转换或颠换、以及单碱基的插入或缺失等。 5. 单核苷酸多态性标记(SNP) 单核苷酸多态性（SNP） 数量非常丰富，有广阔应用前景。 …CAAGATCTTGGAGACTCACTATAGGCTACGCGTACATCAGATAG… ||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| …CAAGACCTTGGAGACTAACTATAG.....GCGTACATCGGATAG… SNP 检测SNP基因型的生化原理 SNP的特点： SNP 与RFLP及SSR 标记的不同有2 个方面：其一，SNP 不再以DNA 片段的长度变化作为检测手段，而直接以序列变异作为标记； 其二，SNP 标记分析完全摒弃了经典的凝胶电泳，代之以必威体育精装版的DNA 芯片技术。对成千上万个克隆测序，用计算机分析数据和显示最终结果。 检测： DNA芯片技术，必威体育精装版报道的微芯片电泳(Microchip electrophoresis) ，可以高速度地检测临床样品的SNP。 杂交型芯片将等位基因特异寡核苷酸共价固定在载体表面，用荧光标记引物扩增基因组DNA，再与芯片上的寡核苷酸杂交形成信号，并行读取芯片上不同SNP 荧光信号，获得SNP 信息。 SNP的优点 数量多，分布广泛，检测快速、易于实现自动化，遗传稳定性高。 SNP的缺点 成本高，错误信号多。 SNP标记的应用 种群生物学特征、遗传性疾病检测、疾病关联分析及特定功能基因或片段的分型等研究，在基因组作图和数量性状定位等方面也有越来越多的应用。 第三节　药用植物的分子鉴定流程（实例） DN