第三部分 理论生物物理学2015讲解材料.pptx

理论生物物理学; 采用信息科学技术，借助数学、生物学的理论、方法，对各种生物信息（包括核酸、蛋白质等）的收集、加工、储存、分析、解释的一门学科。 收集、加工、储存：计算机科学家 分析、解释：生物学家; 20世纪50年代，生物信息学开始孕育 20世纪60年代，生物分子信息在概念上将计算 生物学和计算机科学联系起来 20世纪70年代，生物信息学的真正开端(序列比对算法) 20世纪80年代初期，生物信息分析方法的发展 20世纪80年代以后，生物信息服务机构和数据库 20世纪90年代后 ，HGP促进生物信息学的迅速发展;1956: 美国田纳西州首次召开了“生物学中的理论研讨会”； 1962: Zucherkandl和Pauling研究了序列变化与进化的关系，开创了一个新的领域——分子进化； 1967: Dayhoff研制出蛋白质序列图集，即后来著名的蛋白质信息源PIR； 1970: Needleman和Wunsch提出了著名的序列比对算法，是生物信息学发展中最重要的贡献； 1970: Gibbs和McIntyre发表著名的矩阵打点做图法； 1978: Gingeras等人研制了核酸序列中酶切位点识别程序； 1981: Smith和Waterman提出了著名的公共子序列识别算法，同年Doolittle提出了关于序列模式的概念；;1982: GenBank第3版本正式发行； 1983: Wilbur和Lipman发表了数据库相似序列有哪些信誉好的足球投注网站算法； 1986: 日本核酸序列数据库DDBJ诞生； 1986: 蛋白质数据库SWISS-PROT诞生； 1988: 美国国家生物技术信息中心NCBI诞生； 1988: 成立欧洲分子生物学网络(EMBNet)，EMBL数据库诞生； 1988: Person和Lipman发表了著名的序列比较算法FASTA； 1990: 快速相似性序列有哪些信誉好的足球投注网站算法BLAST问世，1987年BLAST的改进版本PSI-BLAST投入使用 1996: Affymetrix生产出第1块DNA芯片。;基因组序列分析 ;UTR 内含子 启动子 基因之间的序列 ……;数据库有哪些信誉好的足球投注网站及序列比较 ;基因表达数据的分析与处理;蛋白质结构预测 ; 纵观当今生物信息学界的现状，大部分人都把注意力集中在: 基因组 蛋白质组 药物设计(蛋白质结构);一级和二级数据库;主要的数据库资源;ATTGACTA;DNA序列数据库最早于1982年在欧洲分子生物学实验室诞生，随即就开始了一个数据库爆炸的时代。 此后不久因一项美国国家健康研究中心与洛斯阿拉莫斯国家实验室的合同而诞生了GenBank。 日本的DNA数据库（DDBJ），在几年后加入了数据收集的合作。;基因组数据库的发展历史;三大基因数据库;;/;;;; SWISS－PROT 1. 瑞士日内瓦大学医学生物化学系和欧洲生物信息学研究所(EBI)合作维护（1986年）； 2. 在EMBL和GenBank数据库上均建立了镜像站点; 3. 数据库包括了从EMBL翻译而来的蛋白质序列，这些序列经过检验和注释； SWISS-PROT的网址： /sprot ; PIR(protein information resource) 1. 由美国NCBI翻译自GenBank的DNA序列(1984年)； 2. 在EMBL和GenBank数据库上均建立了镜像站点； 3. 数据依据注释的质量分为4类。 网址： / ;如何 Access PDB记录?;如何 Access PDB记录?;如何 Access PDB记录?;如何 Access PDB记录?;如何 Access PDB记录?;如何 Access PDB记录?;Questions: 下列数据库分别是什么类型的数据库? GenBank, PIR, DDBJ, SWISS-PROT, PDB, EMBL, TrEMBL, ;生物信息学数据库资源 --数据库查询;;PubMed的特点 收录的文献多!!大部分与生命科学相关 自动词语匹配 链接点多，部分在网上免费获得全文 也可以直接定购原文;二、检索规则;二、检索规则;;;复杂检索;复杂检索;Question : ;同样存在限制字段: 常用的有: Author: Bao YM[au] title: SNARE[ti] organism: rice[organism] 或者直接输入: Accession: AY077725[Accessio