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计算识别水稻基因组中microRNA基因.PDF
( ) 第34 卷 第 12 期 西北农林科技大学学报 自然科学版 . 34 . 12 V o l N o 2006 年 12 月 . . . . ( . . . ) . 2006 Jou r o f N o r thw e st Sci T ech U n iv o f A gr i an d Fo r N at Sci E d D ec 计算识别水稻基因组中 基因 m icroRNA a, b a a a, b a 金伟波 , 吴方丽 , 孔 栋 , 郭蔼光 , 杨淑慎 ( 西北农林科技大学 a 生命科学学院, b 陕西省农业分子生物学重点实验室, 陕西 杨凌 7 12 100) [摘 要] 一些低丰度的m iRN A 和组织特异性m iRN A 往往很难发现, 利用生物信息学方法, 根据已知水稻 的各种属性, 设计 前体预测程序—— , 从全基因组范围中预测出1 375 条 前体, m iRN A m iRN A P reM iR F in d m iRN A 然后利用已知拟南芥的 对这1 375 条前体进行同源检索, 找出166 条 前体, 再用水稻已知的 m iRN A m iRN A m iRN A 对这 166 条序列进行检索, 发现其中153 条与已知的水稻m icroRN A 完全相同, 对剩余的13 条m iRN A 前体预测序 列用m Fo ld 作进一步结构分析, 最后得到 10 条新的候选m iRN A 基因序列。 [ 关键词] 水稻基因组; ; RN A fo ld m icroRN A [ 中图分类号] 5 11; 522 [ 文献标识码] [ 文章编号] 167 19387 (2006) S Q A ( ) 是存在于动植物体 内的 少有800 条。目前在 中登陆的水稻 M icroRN A m iRN A R fam m ircoRN A 起
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