[医药卫生]ChemOffice02.pptVIP

化学办公软件ChemOffice 浙江工业大学化材学院 Chem3D Chem3D与ChemDraw一样，是ChemOffice的组成部分 与ChemDraw协同工作，把ChemDraw绘制的二维结构式正确地转换为三维结构 包括了一个半经验量子化学计算程序MOPAC97，并能与著名的从头计算程序Gaussian98连接，作为它的输入、输出界面 能够以三维方式显示量子化学计算结果，如分子轨道、电荷密度分布等 Chem3D简介 Chem3D主界面 水平工具栏中显示属性设置选项 Wire Frame：线状模型 Sticks：棒状模型 Ball Stick ：球棍模型 Cylindrical Bonds ：圆柱键模型 Space Filling ：比例模型 Ribbons ：带状模型 Cartoons ：卡通模型 Chem3D文件扩展名：c3d；模板文件：c3t Chem3D主界面 菜单栏 常用工具栏 水平工具栏 模型窗口 旋转柄 （模型窗口四周） 建立Chem3D模型 三种方式 利用单键、双键或三键工具直接绘制3D模型 把分子是转换成3D模型 用Chem3D提供的子结构或模板建立模型 建立Chem3D模型 利用键工具建立模型 建立Chem3D模型 利用文本工具建立模型 建立Chem3D模型 使用子结构建立3D模型 建立Chem3D模型 使用模板建立3D模型 ChemDraw结构式与3D模型间的转换 ChemDraw结构式转换为3D模型 选中ChemDraw结构式，复制到Chem3D窗口中，自动完成转换 直接打开ChemDraw文件 Chem3D中执行File→Open，打开ChemDraw文件，自动完成转换 3D模型转换为ChemDraw结构式 选中3D模型，执行复制 ChemDraw窗口执行粘贴，完成转换 整理结构与简单优化 Edit→ Select All（或者 执行Ctrl+ A），选中模型 Tools →Clean Up Structure，整理结构 MM2 →Minimize，弹出对话框 单击Run，对模型优化，最终给出能量最低状态 显示3D模型信息 鼠标移至3D模型原子上，显示原子相关信息 鼠标移至3D模型化学键上，显示该化学相关信息 按住Shift，用鼠标顺序选中连续的3个原子，鼠标停留在任一原子上，显示3个原子的键角 Analyze →Show Measurements →Show Bond Lengths：显示全部键长数据 Analyze →Show Measurements →Show Bond Angles：显示全部键角数据 选中对象 Object →Show Element Symbols →Show 或者Object → Show Serial Numbers →Show 改变元素序号与替换元素 Ctrl + A选中模型 Tools →Clean Up Structure整理模型 双击需要改变序号的碳原子，于弹出输入框内填写原子序号，回车 双击需要改变元素的原子，于弹出输入框内填写元素符号，回车 原子和分子的大小 查找C原子的范德瓦尔斯半径 View →Atom Types. TBL，弹出Table Editor窗口，VDL栏即为范德瓦尔斯半径 观察分子的大小 View →Connolly Molecular，于对话框选择相关选项，点击Show Surface，即显示分子表面情况 计算分子的体积等性质 Analyze →Compute Properties，于对话框中选择相关选项，单击Add，添加到计算列表，单击OK，开始计算 结果在消息窗口列出 计算内旋转势能 建立3D模型，Ctrl+A选择对象，执行Tools →Clean Up Structure整理模型 执行MM2 →Minimize Energy，优化能量至最小值 执行MM2 →Compute Properties，弹出对话框，单击Run开始计算，信息框中给出计算结果 可以选中某个C原子，双击左上角旋转按钮，于弹出对话框中输入10，单击Rotate，对象顺时针旋转10度 重复执行MM2，可计算新的结构下的内旋转势能 当然可重复执行上述步骤，得到旋转0~360度完整的内旋转势能分布 Huckel分子轨道 建立3D模型 Analyze →Extended Huckel Surfaces View →Molecular Orbitals，弹出对话框 选项说明： Obital：两个选项为HOMO（默认）、LUMO Surface Type：选项四个Solid （默认） 、Wire Mesk、Dots、Translucent Set Grid… :默认值30，可在对话框中重新设置，数值越高，计算精度越高，计算量越大 Show Surface：显示HOM