酶功能分类与序列相似性研究进展.PDFVIP

· · ； （） ;@ !#$%’ ($)%*+, -*%$’*$. -$*/%’ 0 12+#3+*4 $$? P’1 == ? 酶功能分类与序列相似性研究进展 ! ! 彭 敏 综述 方慧生 审校 （ 中国药科大学药学院药物分析教研室； ! # # 中国药科大学生命科学与技术学院生物信息学教研室，江苏南京 !$$$% ） 摘要：本综述就酶的序列与功能的关系在国际上必威体育精装版研究进展进行了比较系统的阐述。基本的方 法有 算法、 和 等常见的比较序列相似性的方法。此外还介绍了最 ’’()’*+,-./,012 34564 78456 近几年出现的进化追溯法和局部三维模板法等方法。 关键词：酶；功能预测；序列；相似性 中图分类号： ， 文献标识码： 文章编号： （ ） 9:!; =!: #$; 4 !$$!-$%! $$? $?-$;@-$; 酶是生物体内的一类催化剂，绝大多数酶的本 代表亚类（磷酸转移酶类），第 个数字“ ”代表亚 = ! - 质是蛋白质或蛋白质加辅酶。不同的酶具有不同的 亚类（以羟基作为受体的磷酸转移酶类），第 个数 ; 催化功能，因此需要对酶进行分类。目前对酶的功 字“ ”代表该酶在亚 亚类中的排号（ 葡萄糖作为 ! - P 能分类用得最多的是 （ ）编码。 磷酸基的受体）。 AI A,JK*’ IC**B00BC, 根据国际酶学委员会（ ）的规定，按酶促反应的性 但是，实际上，只有少数酶的功能通过实验测 LAI 质，用 编码对酶进行功能划分。 编码是通过 出，很多酶的功能还不知道。因此，酶的功能预测成 AI AI 四个数字来对酶进行功能划分的。第一个数字描述 为当前的研究热点。根据未知酶与已知酶之间的相 了酶反应的主要类型，从 到 分别为：氧化还原酶 似性来预测是主要方法之一。相似性又包括序列相 ! ? 类（CMB(CN’(/1G+0’0 ），转移酶类（GN+,0H’N+0’0 ），水解酶 似性和结构相似性。与结构已知的酶相比，序列已 类（2K(NC)+0’0 ），裂解酶类（)K+0’0 ），异构酶类（B0C- 知的酶的数量占大多数。因此，这里主要讨论序列 ），合成酶类（连接酶类， ）。另外三个数 相似性方法在酶功能分析中的应用。 *’N+0’0 )BE+0’0 字提供关于酶反应的更多的细节。 编码的