《实用生物信息技术》期末总结.docVIP

《实用生物信息技术 2009年月日 guojiaojiao1986.12@163.com 电话座位号pku09s__1f1___________ 归纳总结国际著名生物信息资源、常用数据库、主要分析平台和实用软件工具。 世界上的生物信息中心主要是位于欧洲的分子生物学网络（EMBnet）组织(European Bioinformatics Institute )EBI为其最主要的核心网站，和位于美国的国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information，简称NCBI）4个大类，即基因组数据库、核酸和蛋白质一级结构序列数据库、生物大分子(主要是蛋白质)三维空间结构数据库、以上述3类数据库和文献资料为基础构建的二次数据库。人类基因组数据库线虫基因组数据库AceDB酵母基因组数据库SGD美国基因组研究所TIGR的TDB数据库GenBank数据库GenBank是NCBI建立的DNA序列数据库，从公共资源中获取序列数据，主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划。主要分为两大类，一类是模式生物基因组数据库，另一类则与特殊的测序技术有关。这类数据库尽管也包含序列数据，但它们的特色主要是为某一特定的模式生物提供一个完整的数据资源，如酵母、线虫、果蝇、拟南芥、幽门螺杆菌等。这些数据库从各个不同层次上搜集整理有关信息，以便对某个模式生物全基因组有一个更加完整的了解。Entrez Nucleotides 来查询。用 accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。用 BLAST 来在 GenBank 和其他数据库中进行序列相似有哪些信誉好的足球投注网站。用E-mail来访问Entrez 和 BLAST 可以通过 Query 和 BLAST 服务器。另外一种选择是可以用 FTP 下载整个的 GenBank 和更新数据。GenBank，DDBJ，and EMBL数据库共享的数据是每天都交换的，因此他们是相等的。数据纪录的格式和有哪些信誉好的足球投注网站方式可能会不一样，但是accession number，序列数据和注解都是一模一样的。有GenBank(美国)，EMBL(欧洲)和DDBJ(日本)，这三个数据库每天都要交换数据以保证能够全面覆盖每一个站点的数据。数据库包括序列文件，索引文件以及其它有关文件。索引文件是根据数据库中作者、参考文献等建立的，用于数据库查询。GenBank中最常用的是序列文件。序列文件的基本单位是序列条目，包括核苷酸碱基排列顺序和注释两部分不完整序列，包括EST和STS片段；基因组序列，包括HTG和GSS片段；以及所有其它序列。EMBL是欧洲生物信息学研究所, EBI)创建的一个核酸序列数据库。EMBL的数据来源主要有两部分，一部分由科研人员或某些基因组测序机构通过计算机网络直接提交，另一部分则来自科技文献或专利可以利用序列查询系统 SRS(Sequence Retrieval System)从EMBL数据库中提取有关信息。SRS序列查询系统通过超文本链接将DNA序列数据库和蛋白质序列、功能位点、结构、基因图谱以及文献摘要MEDLINE等各种数据库联系在一起。利用EBI网站提供的BLAST或FastA程序，可以对EMBL数据库进行未知序列同源性有哪些信誉好的足球投注网站。DDBJ是DNA Data Bank of Japan的简称，由国立遗传学研究院负责数据库的建设，维护及数据的传播，并与EMBL和GenBank合作；可以从世界各地通过网络把序列直接提交该数据库。DDBJ网页上也提供了包括FastA和BLAST在内的数据库查询工具。TrEMBL, DDBJ, GenBank等。SWISS-PROT数据库该数据库由瑞士日内瓦大学于1986年创建，目前由瑞士生物信息学研究所(Swiss?Institute?of?Bioinformatics，简称SIB)和欧洲生物信息学研究所?EBI共同维护和管理。瑞士生物信息研究所下属的蛋白质分析专家系统(Expert?Protein?Analysis?System,，简称ExPASy)的Web服务器除了开发和维护SwissProt数据库外，也是国际上蛋白质组和蛋白质分子模型研究的中心，为用户提供大量蛋白质信息资源。。该数据库力图能够提供高水平的数据注释信息，包括对蛋白质功能、结构域的结构、蛋白质翻译后的修饰、突变体等的描述。SWISS-PROT数据库的目标是提供尽可能详尽的、很少冗余的数据，在数据库中的链接可以直接链接到其它资源上。TrEMBL（翻译的EMBL） 数据库是于1996年创建并增补到SWISS-PROT数据库中。该数据库采用SWISS-PROT数据库的格式，包含有对EMBL数据库中所有编码序列的翻译。TrEMB