杜仲ipi基因全长cdna克隆与生物信息学分析-经济林研究-中南.pdfVIP

第32 卷 第1 期 经 济 林 研 究 Vol. 32 No.1 2014 年3 月 Nonwood Forest Research Mar. 2013 杜仲 IPI 基因全长cDNA克隆与生物信息学分析 1,2 1,2 1,2 刘攀峰 ，吴 敏 ，杜红岩 （1. 中国林业科学研究院 经济林研究开发中心，河南 郑州 450003 ； 2. 国家林业局杜仲工程技术研究中心，河南 郑州 450003 ） 摘 要：为解析杜仲异戊烯基焦磷酸异构酶基因序列信息和深入研究基因功能，以杜仲叶片cDNA 为模板，采 IPI 用反转录RCR 及RACE 技术分离出杜仲 基因全长的cDNA 克隆。测序及生物信息学分析结果得出基因序列 全长1 231 bp ，共编码306 个氨基酸残基，细胞定位于叶绿体。推导蛋白相对分子质量34.65 kD ，理论等电点（pI ） 5.40，为疏水混合型蛋白质，属Nudix 水解酶蛋白家族，基序类型4 种，含10 个潜在功能位点，三级结构以单 体形式存在，主要保守基序位于分子结构中部。系统进化分析推测杜仲IPI 蛋白与欧洲榛IPI 蛋白亲缘关系最为 接近。 关键词： IPI 杜仲； ；基因序列；生物信息学分析 中图分类号：S603.2 文献标志码：A 文章编号：1003—8981(2014)01—0027—07 Cloning and bioinformatics analysis of full length cDNA of IPI gene in Eucommia ulmoides LIU Pan-feng1,2, WU Min1,2, DU Hong-yan1,2 (1. Non-timber Forest Research and Development Center, Chinese Academy of Forestry, Zhengzhou 450003, Henan, China; 2. The Eucommia Engineering Research Center of National Forestry Administration, Zhengzhou 450003, Henan, China) Abstract: In order to analyze sequence information and further research the function of isopentenyl pyrophosphate isomerase gene in Eucommia ulmoides, taking cDNA in E. ulmoides leaf as template, IPI gene cDNA was isolated from leaves of E. ulmoides by the method of reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) and rapid amplification of cDNA ends (RACE) technique. The results of sequencing and bioinformatics analysis show that the sequence of Eu