computational prediction of o-linked glycosylation sites that preferentially map on intrinsically disordered regions of extracellular proteins计算预测o-linked糖基化的网站优先地图内在无序区域的细胞外蛋白质.pdfVIP

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2017-09-12 发布于上海
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Int. J. Mol. Sci. 2010, 11, 4991-5008; doi:10.3390/ijm OPEN ACCESS International Journal of Molecular Sciences ISSN 1422-0067 /journal/ijms Articl e Computational Prediction of O-linked Glycosylation Sites That Preferentially Map on Intrinsically Disordered Regions of Extracellular Proteins Ikuko Nishikawa 1,*, Yukiko Nakajima 1, Masahiro Ito 2, Satoshi Fukuchi 3, Keiichi Homma 3 4 and Ken Nishikawa 1 College of Information Science and Engineering, Ritsumeikan University/Noji-higashi 1-1-1, Kusatsu, Shiga 525-8577, Japan; E-Mail: nakajima.yukiko@ 2 College of Life Sciences, Ritsumeikan University/Noji-higashi 1-1-1, Kusatsu, Shiga 525-8577, Japan; E-Mail: maito@sk.ritsumei.ac.jp 3 Center for Information Biology DNA Data Bank of Japan, National Institute of Genetics/Yata 1111, Mishima, Shizuoka 411-8540, Japan; E-Mails: sfukuchi@genes.nig.ac.jp (S.F.); khomma@lab.nig.ac.jp (K.H.) 4 Department of Bioinformatics, Maebashi Institute of Technology/Kamisadori 460-1, Maebashi, Gunma 371-0816, Japan; E-Mail: mit-nishikawa@maebashi-it.ac.jp * Author to whom correspondence should be addressed; E-Mail: nishi@ci.ritsumei.ac.jp; Tel.: +81-77-561-2696; Fax: +81-77-561-5203. Received: 28 October 2010; in revised form: 17 Novmeber 2010 / Accepted: 30 November 2010 / Published: 3 December 2010 Abstract: O-glycosylation of mammalian proteins is one of the important posttranslational modifications. We applied a support vector machine (SVM) to pre