应用下一代测序技术检测探析鼻咽癌易感性相关单核苷 酸多态性.pdfVIP

目录 摘要I Abstract i 前言 1 第一章 鼻咽癌易感性相关单核苷酸多态性筛查 4 1 材料与方法 4 1.1 检索策略 4 1.2 纳入标准 4 1.3 数据提取 5 1.4 数据分析 5 2 结果 5 2.1 纳入文献情况 5 2.2 多态位点与鼻咽癌易感性的关系 5 3 讨论 7 第二章 P53 及 GSTM1 基因多态性与东亚人群鼻咽癌易感性的 Meta 分析 8 1 材料与方法 8 1.1 检索策略 8 1.2 纳入与排除标准 9 1.3 数据提取 9 1.4 纳入文献质量评价 9 1.5 数据分析 9 2 结果 10 2.1 纳入研究的基本特征 10 2.2 P53 基因多态性与 NPC 易感性的关联 10 2.3 GSTM1 基因多态性与 NPC 易感性的关联 13 2.4 敏感性分析及发表偏倚评价 13 3 讨论 13 第三章 应用下一代测序技术研究 15 个 SNP 与鼻咽癌易感性的关系 16 1 实验材料与主要仪器 19 1.1 主要试剂及耗材 21 1.2 主要仪器 21 1.3 SNP 位点编号信息 21 1.4 引物信息 22 2 实验方法 24 2.1 外周静脉血 DNA 提取及质检 24 2.1.1 基因组提取 24 2.1.2 DNA 浓度测定 24 2.1.3 DNA 质检 25 2.2 样本前处理 26 2.2.1 目的片段扩增 26 2.2.2 获取大量目的片段 26 2.2.3 目的片段质检 27 2.2.4 目的片段连接带标签磁珠 28 2.2.5 连接目的片段的磁珠(Beads)回收混合 29 2.3 高通量测序 29 2.3.1 点样前准备 29 2.3.2 点样 29 2.3.3 启动测序仪 29 2.3.4 组装反应小室 30 2.3.5 反应小室安装 30 2.3.6 配制反应试剂 30 2.3.7 试剂参数设置 31 2.3.8 开始测序 31 2.3.9 测序结束关机 31 2.3.10 测序结果分析及统计学分析 32 3 实验结果 32 3.1 样本特征 32 3.2 基因质检结果 32 3.3 高通量仪自动识别处理分析结果 33 3.4 15 个 SNP 各基因型分布情况 33 3.5 各 SNP 正常组 HWE 分析 36 3.6 各 SNP 与NPC 易感性关联的统计学分析 37 4 讨论 39 全文小结 41 参考文献 43 附录 49 1 缩略语 49 2 调查表及知情同意书 50 已发表综述 53 攻读学位期间发表论文 60 致 谢 61 应用下一代测序技术检测分析鼻咽癌易感性相关单核苷 酸多态性 摘要 目的 肿瘤为多基因遗传疾病，鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma, NPC)是高发于中国南 部及东亚地区的头颈部肿瘤，其发生发展与基因密切相关。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)是继限制性片段长度