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犇荦犃序列碱基组合的频率矩阵及其应用
第 卷 第 期 华 侨 大 学 学 报 (自然 科 学 版 )
34 3 Vol.34 No.3
年 月 ( )
2013 5 JournalofHuaiaoUniversit NaturalScience Ma 2013
q y y
文章编号: ( ) : /
10005013201303030805 犇犗犐10.11830ISSN.10005013.2013.03.0308
犇犖犃序列碱基组合的频率矩阵及其应用
1 1 2
李玉双 ,刘倩 ,张昱
( 燕山大学 理学院,河北 秦皇岛 ;
1. 066004
2.石家庄邮电职业技术学院 计算机系,河北 石家庄 050021)
摘要: 基于碱基组合在 序列中出现的频率,构造 个物种的 基因第一个外显子的编码序列
DNA 11 ?lobin
βg
的频率矩阵 借助矩阵 范数对 个物种进行相似性比较,并结合柱状图对物种之间的相似性进行分析 研
. 2? 11 .
究结果表明:所构造的DNA序列频率矩阵不仅能够反映出DNA序列中碱基及碱基组合的含量分布,而且能
够显示出序列碱基突变的情况.
关键词: DNA;碱基组合;频率矩阵;相似性;编码序列
中图分类号: Q332 文献标志码: A
[]
1
随着生物科学技术的迅猛发展,生物信息学越来越受到人们的重视,各种研究方法相继产生 近
.
年来,数学模型被引入到该领域,对生物信息学本身而言,这是一次从量变到质变的飞跃 众所周知,数
.
学模型在生物序列和结构的比较中起到了很好的研究效果,在理论方面给出了很好的解释,如几何表示
[] [] []
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