中药有效成分三维结构数据库的开发和研究-上海有机化学研究所.PDF

2001年第59卷 化学学报 Vol 59． t 第lO期，1788—1792 ^Cr^CHlM【f^El 1C^ No l0．1788一l792 中药有效成分三维结构数据库的开发和研究 侯廷军 乔学斌 徐筱杰 (北京大学化学 分子工程学院 北大养生堂天然药物研究室 北京 100871) 摘要 介绍了北京大学中药有妓成分三维结构数据庠软件系统的结构、功能及开发步骤 该数据库系统不仅仅提供 65OO个中草药有效成分的二维和三维结构以毖其它各类相关信宙．同时拥有功能强大的数据库查询、维护及分子表 达系统 在该系统中．用户可以交互式地实现多种分子特征的啬询以盟二维子结构的查询．查询得到的分子可 直 接在北京大学药物设计系统(PKUDDS)中进行三维结构的显示和分析 该数据库系统和我们科研组开发的北京大学 药物设计系统以及中草药信息系统掏成了完整的基f中药的药物改计系统 该系统已经用于NS3一NS4A蛋白酶抑 制剂 及其它体系的研究并取得了很好的结果 关键词 中药，有效成分．数据库 三维结均，子结构互配．北京大学药物设计系统 Research and Development of 3D Molecular Structure Database of Traditional Chinese Drugs HOU Ting—Jun OIA0 Xue—Bin XU Xiao—Jie LBeid~, l [abor~rtorn／br、 J Prowta， ， ofChemistn and Molecular E*~aeed~．Pe,~ing Un／vsrs酊，n ，100871) Abstract In this paper，the structure，fuI：lction tttlxd developnlentof the 3D Molecular Structure Database of Traditional Chinese Drugs(3D—MSDTj are introduced lhe d tttabase svstenl not Od}rincludes the 2D and 3D slructures and other eoncemed i1fffommtion for-Axat 6500 efff~-1lye elements in Tradition【al Chinese Drugs．bute alSO bears powerful database maintenance asd mole,eulalvisualization funotions．In this database syslen1．the tlSelS Call carry-out the queries of manv~-pes of molex．ular pmp~ies and 2D substructures me a tching．The obtained molecules earlbe transferrred in to the Peking Onivemit~Drug Design System(PKUDDS)for molecular visualization and analyses．Itle 3D—MSDT system．coM)ine,1with山e Traditional Chine,~t2 Medicine Drug hffformation System and the Peking University Drug Design System developed