基于三维脑基因表达图谱的基因挖掘方法研究.pdfVIP

j：Il互】，j lI- -lji●■ 中国医疗设备 【研究论著】 ≮誓萋鬈磊霆 鬻 嚣 基于三维脑基因表达图谱的基因挖掘方法研究 刘 蔷，李海云 (首都医科大学 生物医学工程学院， 北京 100069) 【摘 要】目的 为了研究帕金森氏病发病机理，探索从多元三维脑基因表达图谱的基因芯片数据中提取帕金森氏病的基 因的方法。方法用一种统计学方法对小鼠基因芯片数据进行初步筛选及标准化，将实验数据分成两个集合，计算基因表达 数据的标准差并按升序排列，选出排名最靠前的数个基因(本实验选取基因总数的10％)，并对其进行评估。结果选出的这 18个基因为更好的研究帕金森氏病发病机理提供了一个思路，且该基因挖掘方法也适合其他疾病机理的研究。 【关键词】帕金森氏病；基因挖掘；基因芯片 【中图分类号]Q67；Q81 【文献标志码]A 【文章编号]1674—1633(2008)05—0008-04 Research on the Selection of PD Genes from Multiplex 3D Brain Gene Expression Mapping LIU Qiang，LI Hai—Yun (Biomedical Engineering Institute of Capital Medical University，Beijing 100069，China) Abstract：Objective To research a method of selecting PD gene based on microarray dataset from multiplex 3D brain gene expression mapping in order to obtain the vivid insights into molecular pathogenesis of Parkinson disease(PD)．Method To use a statistical method for pre—selecting genes and normalizing gene expression data，dividing data into two subsets and calculating the standard deviation(SD) of gene expression；to use order statistics and binomial distribution，choosing the first 10％ of genes with lowest SD and to evaluate the chosen genes in terms of a bioinformatics analysis．Result Comparing with the available methods，the new one just is of the ei~cient and accurate selection of genes with 18 PD genes extracted． Key words：Parkinson disease；gene extraction；gene dataset O前言 估_2I 3l 。而互作基因的发现将会使我们更好的理解帕金森 氏病的机理并将有助于临床诊断方法的发展。如果我们能 当前，帕金森氏病的分子机理还不是很明确…。这种疾 获得帕金森氏病基因，我们将对帕金森氏病发病机理的了 病通常有着非常重要的遗传因素，但是由于人类遗传分析 解更为深刻。 的复杂性现在还是很难识别帕金森氏病的相关基因。更重 在过去的十年里，研究人员已经提出了许多基因选择 要的是，我们还不明确帕金森氏病的发生是否与这些相关