如何寻找在水稻发育阶段中特异性表达的基因.pdfVIP

五分钟寻找发育阶段特异性表达的基因--Genevestigator 使用案例 当我们谈到,寻找某发育阶段特异性表达的基因时,比如植物的种子阶段,开花阶段,种子成熟 阶段,或者动物的胚胎阶段,幼体,个体成熟期.往往需要把这些样本全部收集起来,进行表达谱 芯片或者 RNA-seq ，再进行各个阶段的差异分析，从而得到在自己的试验中, 阶段特异性 表达基因。 还有没有其他方法？ 利用 Genevestigator 可以找到公共数据库资源的物种发育基因表达信息。 接下来，我们以水稻为例，利用 Genevestigator 寻找在感兴趣的发育阶段, 特异性表达基 因。 申请途径：/plus/list.php?tid=75 确保网络通畅。 操作思路为： 选择感兴趣 导出结果和 打开软件 选择物种 找到基因 发育阶段 图 打开软件 首先，打开 Genevestigator 软件： 选择物种 注意上图右侧的 “Data Selection”，放大如下，点击 “New”，即告诉Genevestigator 软件，我们打算从哪个物种入手分析。 物种选择水稻，因此在 Organism 栏中选择 “Oryza Sativa”。 选中后发现，Genevestigator 收集了 2527 例昂飞表达谱芯片的数据。 注：如果选择范围内的样本数量比较大，或许会需要等待几分钟的时间。 物种确定好了，接下来需要确定感兴趣的发育阶段。怎么操作？ 选择感兴趣发育阶段 在主界面的右侧的 “GENE SEARCH TOOLS”中选择 “Development”，即是我们告诉 GENEVESTIGATOR ，我们有感兴趣的发育阶段，我们希望寻找发育阶段特异性表达的基因。 放大如下: 点击之后，会出现如下：我们选择第一个时期作为 target （目标发育阶段）, 其他阶段会默 认作为 base （背景，需要排除的发育阶段） 找到基因 设定基因数量（10 ）， 点击 “Run ”，出现下图结果。找到的基因表达。可以看到，这些 基因在我们选中的发育阶段确实有特异性的表达（蓝色），而在其他部位为白色。 导出结果和图 结果可以以 excel 的形式保存。图有 PDF ，GIF ，JPG 等格式。