NCBI中DNA建树过程.docVIP

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NCBI中DNA建树过程

根据测序结果,到NCBI上进行比对,确定该未知菌的种属。 在地址栏输入/进入NCBI主页 —→ 点击“BLAST” —→ 在Basic BLAST选项中点击“nucleotide blast” —→ 在Enter Query Sequence 框中粘贴B1 16S sequence的序列;Choose Search Set 中选择 Others(nr etc) —→ 在Program Selection 中选择 Highly similar sequences (megablast) —→ General Parameters中的Max target sequences 选项值改为500 —→ 点击“BLAST”按钮 —→ 等待缓冲结束即可得到如下图示(部分)的页面 —→ 选择所需要的序列。 query ID: lcl|62991 将选取的序列以FASTA的格式保存 打开保存的序列可得到如下画面: 菜单Alignment中选择“Align by ClustalW” ,然后在出现的对话框选择默认设置,点击OK进行比对,接着会出现如下画面: 等待其运行完成后,以“*mas”格式保存,然后直接删除,会出现如下对话框: 选择“Yes”,并输入名称保存,出现对话框 输入一个名称,点击“OK”, 在出现的对话框中选“No” 在出现的对话框选“Yes”,会出现如下画面 选择主界面中的Phylogeny菜单,Bootstrap Test of Phylogeny --- UPGMA 再出现的页面点击“Compute”,得出系统结构树,如下: 选好20个后,点击 在所选的序列前打“√”

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