人类SNP数据库系统的构建与应用研究.pdfVIP

第23卷 第6期 仪器仪表用户 EIC Vo1．23 2016年6月 NSTRUM EN AT10N 20l6 No．6 人类SNP数据库系统的构建与应用研究 马彪，吴东月，高强 (天津理工大学 自动化学院，天津 300384) 摘 要：随着人类基因测序技术的快速发展，单核苷酸多态性 (SNP)1【在遗传学研究中发挥着重要作用。研究机构 在这一研究领域积累了大量的实验数据，如何从海量数据中获取有用信息并实现数据共享是目前亟待解决的问题。 本文的目标是构建一个基于SQLServer的二级生物信息学数据库~21HuSNP，主要工作包括SNP数据收集、数据库设计 和数据存储。SNP数据全部来源于NCBI的GenBank，下载的原始数据全部转存到本地数据库中。通过本数据库能够 快速检索SNP数据 ，为人类SNP数据的共享提供了基础的信息服务平台。 关键词：生物信息学； 单核苷酸多态性；数据库；HuSNP 中图分类号：TP392 文献标识码：A DOl：10．3969／j．issn．1671—1041．2016．06．009 文章编号：1671-1041(2016)06-0031-03 ConstructionandApplicationofaLocalHumanSNPDatabaseSystem MaBiao， WuDongyue，GaoQiang (SchoolofElectricalEngineering，TianjinUniversityofTechnology，Tianjin，300384，China) Abstract：Alongwiththedevelopmentofthehumangenomesequencingtechnology，SingleNucleotidePolymorphism (SNP) hasbecomeakeyaspectofgeneticsresearch．Researehinstituteshaveaccumulatedmassscientificdataintheseresearchesand implementofdatasharingwillpromotethedevelopmentofourresearchesinthisarea．Thegoaloftheprojeetistoconstructa localSNPdatabaseHuSNPbasedonSQLServer．ThemainworkincludesSNPdatacollection，databasedesignanddatastorage． Thedatawerecollectedfrom GenBankandhtedownloadeddatawereshiftedintolocaldatabaseforfurtherresearch．SNPdata canberetrievedquicklybytheHuSNPdatabase，itprovidesabasicserviceplatformofrsharinghumanSNPdata． Keyw ords：bioinformatics；singlenucleotidepolymorphism；database；HuSNP 学 _3作为一门新型的交叉学科由此产生。 生物信息学的研究是 以生物数据为基础，因此生物数 生物信息学数据库数量近年来呈爆炸式增长 ，数据结 据库的建设是一切生物信息学研究工作的前提。一级数据 构 日趋复杂，特定数据库系统的构建有利于自主软件的开 库是生物信息学最重要