基于乳腺癌ChIP-seq数据的p53抑癌机制研究.pdfVIP

第 ??卷 第 ?期? 生 物 信 息 学? ???．?????．?? ??????年 ???月? ?????????????????????????????????? ???．．????? ???：??．????／?．????．????— ????．????．??．??? 基 于乳 腺 癌 ????????数 据 的 ???抑 癌 机 制研 究? 王立 山 ，祝鹏飞 ，祁福娟 ，曹鑫恺 ，孔 艳 ，臧卫东? ?上海 丰核信 息科 技有限公司研发部 ，上海 ???????? 摘? 要 ：采 用生物信息学方法分析野生型 ???乳腺癌 ????细胞 的 ????—????染色 质免疫共沉淀一测序 ?数据 ，以揭示 ???的抑? 癌分子机制。从 ????下载 的编 号为 ????????的 ????—???数据来源 于三组试验 ，分别为 ：未 经处 理的乳腺癌 ????细胞对 照? ???—??????，??????一???一种 ????拮 抗剂?处理 的 ????细胞对 照?????????和 ??????一??刺激 ????细胞后加入 ???抗体 的实? 验组???????。????获得 的 ???数据 的测 序平 台为 ???????????????????。利 用 ??????参 照人 基 因组 ????进行 序列 比对 ；利? 用 ????进行峰信号检测 ，并利用 自定义软件筛选 ???可能 的靶基 因；利 用 ?????在 线工具对靶基 因进行通路 富集分 析；最? 后利用 ??????构建蛋 白互作 网络。研 究共得 到 ??个 ???的靶基 因，其 中 ?个靶 基 因???????、????、???、????、????、? ?????、???和 ?????分别 富集 到 ???信号 转导通路和 核苷酸切除修复通路两个通路上 。在 得到 的由 ??个靶基 因构成 的蛋? 白质相互作用 网络 中，连 通度 最高的前 ?个基 因分别 是 ????、????、?????、??????和 ???。研 究中采用 的分 析 ????—???? 数据的方法能有效揭 示野 生型 ???乳腺癌 ????细胞 中??????一??激活的 ???的抑癌分子机制。? 关键词 ：野 生型 ???乳腺癌 ????细胞 ；???；????—???数据 ；通 路富集分析 ；蛋 白互作