基于概率转移矩阵的氨基酸连接偏好性研究.pdfVIP

基 于 概 率 转 移 矩 阵 的 氨 基 酸 连 接 偏 好 性 研 究 张堑， 唐旭清” ( 江南大学理学院，江苏无锡214122) 摘要：在Mar kov模型的基础上，提出了状态空问上合并映射的概念，以及合并过程下转移概率 的计算方法。在已有氨基酸分类方法的基础上，结合Ma r kov模型的概率转移矩阵，对氨基酸连 接的偏好性进行了研究。结果表明：同一家族的蛋白质序列的氨基酸连接具有一定的偏好性，这 种偏好性与氨基酸的分类有关，从而进一步说明了分类的科学性，同时这种偏好性对氨基酸序列 的预测具有一定的作用。 关键词：氨基酸分类；合并映射；概率转移矩阵；偏好性 中图分类号：Q 71；O 29文献标识码：A文章编号：1673— 1689( 2012) 01— 0106- - 06 Res e ar ch on t he Conne ct i on Bi as of Ami no Aci ds Bas ed on Pr obabi l i t y Tr ans i t i on Mat r i x ZHANGKun，TANGXu— qi ng。 ( Sc hool of Sc i e nc e。Ji angnan Uni ver si t y，Wuxi 214122，Chi na ) Abst r act ：I n t hi s manus cr i pt ，a novel c once pt of l umpi ng map and a comput i ng met hod of t he t r a nsi t i on pr oba bi l i t y i n l umped pr oc es s wer e s uggest ed bas ed on Ma r kov model ，t o i nves t i gat e t he c onne c t i on bi as of ami no a ci ds ．The r esul t s demons t r at ed t hat t he connect i on of ami no ac i ds had a par t i cul ar pr e f er e nce whi c h was r el at ed t o t he cl assi f i cat i on of ami no a ci ds ，a nd f ur t her ver i f i ed t he s cient i fi c of t he cl as s i fi cat i on of ami no aci ds ．At t he s ame t i me，t he pr e f er e nce woul d gi ve s ome hel p f or t he pr edi ct i on of ami no ac i ds s equence． Key wor ds ：c l ass i f i cat i on of ami no aci ds，l umpi ng map，pr obabi l i t y t r a nsi t i on mat r i x, bi as 蛋白质空间结构的所有信息均隐藏在蛋白质 中在几种简化的模型上。K．A．Di l l 等人Ll o提出的 的线性结构里面，确切的说，均隐藏在氨基酸序列