基于矩阵打分值和化学位移值预测酶蛋白质中β-发夹模体.pdfVIP

内 蒙 古 工 业 大 学 学报? ?????????????????? ???????? 第 ??卷 第 ?期? ????????????????????????? 文章编 号 ：????— ?????．???????????????? 基于矩阵打分值和化学位移值预测酶蛋白质中??一发夹模体? 宋航 宇 ，胡 秀珍? ?内 蒙古 工业 大 学 理 学 院 ，呼和 浩 特 ???????? 摘 要 ：酶 是 一 类 具 有 催 化 功 能 的 蛋 白质 ，对 其 结 构 和 功 能 的研 究 是 非 常 有 必 要 的 。特 殊 模 体 ?一? 发 夹 是 一种 简单 的 超 二 级 结 构 ，它 ?? 包 含 了丰 富 的 折 叠 信 息 ，对 酶 中 ?一 发 夹 的 预 测 有 助 于 酶 结? 构 和功能的预测 。本 文建立了非冗余的 ?一发夹模 体数据集 ，包含 ????条酶 蛋 白质链 ，????个 ?? 一 发夹模体 ，????个非 ?一发夹 。提取位点亲疏水组分 及位点 亲疏水 紧邻关联 组分作 为参 数 ，运? 用 矩 阵 打 分 算 法 得 到 的 预 测 结 果 不 理 想 。将 位 点 亲 疏 水 、位 点 亲 疏水 紧 邻 关 联 组 分 为 参 数 得 到 的? 打分值和平均化学位移值共同作为特征参数 ，输 入支持 向量机 算法对 模体进 行预测 ，?交叉 检验? 预 测 总 精度 是 ??．?? ，相 关 系数 达 到 了 ?．???。? 关键词 ：?一发夹模体 ；支持向量机算法 ；矩阵打分算法 ；位点亲疏水组分 ；位点亲疏 水关联 ；平均化? 学 位 移 值? 中 图 分 类 号 ：???? 文 献 标 识 码 ：?? ?? 引 言? 酶 是 生物催 化剂 中最 主要 的一 类 ，是 一种 特殊 的蛋 白质 。它 能在 机 体 中十 分 温和 的 条件 下 ，高 效率? 地催化 各 种生 物化 学反应 ，促 进生 物体 的新 陈代谢 ???。酶 的存 在 使人 体 内各 项 生化 反 应 ，按 正确 途 径进? 行 。酶 的先天性 缺 失或后 天 因素对 其 活 性 的影 响 ，都 会使 身 体 机 能产 生 障碍 。如 酪 氨 酸 羟 化 酶 缺 乏会? 导致 白化症 ，?一磷 酸葡萄 糖脱 氢酶 缺乏 会导 致蚕 豆病 或对 伯氨 喹啉 敏感 ??等 。? 随着 酶 学研 究 的 发展 ，酶蛋 白质 结构 及 功 能 的研 究 成 为 了生 命 科 学 的重 要 课题 。????年 ，???????? 提 出了蛋 白质 锁 一钥 ?????— ???— ????模 型 ，这一 思想 给 酶 功 能 的研 究 提供 了一 个 方 向 ，即研 究 酶 的 三? 维结 构??“?，就可 以知 道酶蛋 白质 的功 能 。但 由酶 蛋 白质 的序 列 直接 预 测