基于弹性网络模型的细胞色素c折叠核的识别研究.pdfVIP

第 ??卷 第 ?期? 燕 山大 学 学报? ???．?????．?? ????年 ?月? ???? ??????????????? ?????????? ????．? ????? 文章编号： ????—???? ????????????????? 基 于弹性 网络模型 的细胞 色素 ?折叠核 的识别研 究? 苏计 国?，郝 锐? ?燕 山大学 理学院，河北 秦皇 岛 ???????? 摘 要 ：来 自细菌的细胞色素 ?与来 自马的细胞色素 ?具有很高的序 列和 结构相似性 ，但是二者的折叠／去折叠? 路径及 折叠核的位 置具有很大 的差异 ，导致这种差异的原因 目前并不清 楚。本文采用迭代 的高斯 网络方法研究? 了上述 两个 蛋 白的去折 叠过程 ，并成功识别 出两个体系的折叠核位 置，与实验很好地 吻合 。结果表 明，两个体? 系拓扑结构 的差异是 导致二者折叠特征和折叠核位置不 同的主要原 因。? 关键词 ：细胞色素 ?；折叠核 ：弹性 网络模型；拓扑结构? 中图分 类号 ：????? 文献标识码 ：?? ???．??．?????．????．?????????．????．??．???? ? 引言? 虽 然两个 蛋 白质 的结构和 功能非 常类似 ，但 是 ，它? 们 的稳定性 、动力学性质 以及折叠核 的位置具有 很? 蛋 白质如何从一级序列折叠到其具有生物学? 大 的差异 ?????为什么二者 具有不 同的折 叠特性 ，什? 功能的三级结构是分子生物学 尚未阐明的重要 问? 么 因素决定了二者折叠过程 的差异 ，目前还不清? 题 ，揭 示蛋 白质 的折叠过程 和折叠机 制是理论 和实? 楚。大量的实验和理论研究工作表明在长期的生物? 验 生物学家关注 的重要 课题 。很多理 论和实验 研究? 进化 过程 中，蛋 白质体 系得到 了优 化 ，使其具有极? 表 明，在 蛋 白质 折叠 的初 始阶段 ，一些长程 ?序 列? 小 的能量 阻挫 ，蛋 白质 的天 然拓扑结 构对 蛋 白质折? 上 间隔较远 ?残基 接触 的形 成在蛋 白质折叠过程 中? 叠／去折 叠过程具有 重要影 响? 。那么 ?—????与 ??? 起 着 重要 的作用 ??????这 些 长程 残基 接触 的形成 是? ????????结构上 的差异 ，尤其是 ?????区的不 同，? 蛋 白质折 叠 中的限速阶段 ，构成 体系 的折 叠核 。折? 是否是导致其折叠性质不同的原因?本文利用本? 叠核 的形成可 以有效减 小构象有哪些信誉好的足球投注网站 空间 ，并导致 蛋? 课题 组发展 的迭 代 的高斯 网络方法 ，研究 ??????和? 白质后 续 的快速折 叠 ??????因而 ，识 别这些 早期