基于RNA-Seq技术的鲮转录组分析.pdfVIP

第 ??卷第 ?期? 大 连 海 洋 大 学 学 报? ?????????．?? ?????年 ???月? ?????????????? ???????????????????? ??? ．? ? ???? ???：??．????／?．????．????— ????．????．??．???? 文 章 编 号 ：????— ????????????—????— ??? 基 于 ???????技 术 的鲮 转 录 组分 析? 许建?，赵建?，徐 礼鸣?，崔军?，李 强?，朱新平?，徐鹏? ??．中国水产科学研究院 生物技术研究 中心 ，北京 ??????；?．中国水产科学研究 院 珠江水产研 究所 ，广东 广州 ???????? 摘 要 ：为满足标记辅助育种的要求，通过???测序平台首次开展了鲮 ???????????????????全鱼转录组深度测? 序 ，并 用 ???????等 软 件 进 行 数 据 精 细 分 析。结 果 表 明 ：共 获 得 了 ?????????条 ?????，总 碱 基 数 为? ??????????????，组 装后得到 ??????条 ???????，平 均长度为 ???????，???为 ???????。基 因功能 注释研究共? 获取了 ??????个特异蛋 白，根据特异蛋 白注释结果进行 ??分析 ，有 ????条 ???????有 ??注释 ，包含 ????? 个 特异蛋 白；采 用 ??功能分类工具可将 已注释转 录物序列 划分 为分子 功能 、生 物途径 和细胞 成分 ?类 ，? 为下一步开展生长等性状相关基因功能验证 研究提 供丰 富的序列 资源 ；共鉴 定出 ????个 具有完 整的 ???? 的全长 ????序列 ，并且 鉴定 出 ????个微 卫星和 ????个 ???位点。本研究 中 ，还 建立 了鲮 转录组 数据库? 和网站 ，方 便同行随时调取数据 ，这为深入开展鲮分子标记辅助 的遗 传育种 、种群 遗传学 和资源评估等研? 究提供了丰富的标记资源 。? 关键 词 ：鲮；转录组；高通量 ???测序；从头组装? 中图分 类号 ：????．?? 文 献标 志码 ：?? 鲮 ????????????????????俗称 土 鲮 、鲮 公 、花 鲮 ，? ?????标 记 在 种 群 遗 传 分 析 中进 行 了初 步 应? 是 中 国珠 江 流域 地 区 的特 有 种 ，华 南地 区“四大 家? 用? ?，远远不能满足标记辅助育种 的要求 ，亟须? 鱼 ”?鲢 ???????????????????????????、鳙 ??????????、? 找出一种快速 、大量地获得鲮遗传信息的途径 。此? 草 ???????????????????????、鲮 ?之 一 ，仅 在 广 东 省? 外 ，对鲮营养、生理生化等方面的研究 ，也亟须获? 年养殖产量就在 ??万 ?左右 。鲮 肉质细嫩、味鲜? 取鲮相关的功能基因，而 目前仅仅依赖从近缘模式? 美 、产量大 、价格适中 ，是市场的畅销水产品。鲮?