肠道微生物宏基因组16SrDNARFLP限制性片段长度多态性Solexa测序论文.docVIP

肠道微生物论文：凡纳滨对虾肠道微生物宏基因组测序初步分析及培养条件的探讨 【中文摘要】本文以凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)肠道微生物为研究对象,运用不同的微生物基因组提取方法提取了凡纳滨对虾肠道微生物的宏基因组DNA,并用分子生物学方法评价提取的基因组DNA质量,将所提质量最佳的凡纳滨对虾肠道微生物宏基因组DNA用于Solexa测序,进行相关生物信息学分析。结合传统微生物的培养方法和现代分子生物学的方法对凡纳滨对虾肠道微生物的可培养性进行了研究。本研究旨在通过不同物理形态的2216E基培养培养凡纳滨对虾肠道微生物,再利用细菌16S rDNA基因的限制性酶切多态性的方法分析所培养的微生物的多态性,从而来考察培养基的物理形态对于微生物生长的影响。主要内容分以下2部分:1.比较了CTAB-酚/氯仿法和微生物基因组提取试剂盒二种方法提取新鲜凡纳滨对虾肠道微生物宏基因组DNA的效果,结果表明CTAB-酚/氯仿法提取总DNA的得率(92.5ng/ L)是微生物基因组提取试剂盒(24.8ng/ L)的3.7倍,半定量PCR法检测二种方法微生物基因组相对含量分别为72.3%,67.6%。RNAdungeon是一种在提取细胞RNA前保存细胞样品的试剂,但其在保存微生物基因... 【英文摘要】1.In this thesis, a method for evaluating the genomic DNA extracted from shrimp intestinal microfloar based on semi-quantitative PCR was developed. Method: Three approaches were applied in extracting intestinal metagenomic DNAs in L.vannamei:1) TIANamp bacteria DNA kit、modified CTAB- phenol/chloroform method,pre-treated with RNAdungeon reagent. Bacterial 16S rDNA and L.vannamei 18S rDNA were amplified and compared for the ratio of bacterial and host DNA contents. The results suggested that the concentration... 【关键词】肠道微生物 宏基因组 16S rDNA RFLP(限制性片段长度多态性) Solexa测序 【英文关键词】intestinal microfloar Metagenome 16S rDNA RFLP Solexa sequencing 【目录】凡纳滨对虾肠道微生物宏基因组测序初步分析及培养条件的探讨 摘要 5-6 Abstract 6-7 第一章 引言 12-21 第一节 海洋微生物抗菌活性研究进展 12-15 第二节 环境微生物培养及鉴定研究进展 15-17 第三节 研究方法 17-21 ???二章 凡纳滨对虾肠道微生物宏基因组的提取及Solexa测序 21-36 2.1 材料方法 21-26 2.1.1 材料 21 2.1.2 方法 21-26 2.2 结果与分析 26-34 2.2.1 宏基因组DNA 电泳检测及紫外分光光度计定量检测 26-27 2.2.2 半定量PCR 反应条件的确定 27-28 2.2.3 宏基因组DNA半定量PCR 检测 28-30 2.2.4 宏基因组DNA Solexa测序结果初步分析 30-34 2.3 讨论 34-36 第三章 凡纳滨对虾肠道微生物的培养 36-49 3.1 材料方法 36-43 3.1.1 材料 36 3.1.2 方法 36-43 3.1.2.1 培养基、抗生素及诱导剂配置、基因组提取试剂配置 36-38 3.1.2.2 凡纳滨对虾肠道微生物的富集和培养 38-39 3.1.2.3 肠道微生物及培养后富集微生物基因组DNA 的提取 39 3.1.2.4 细菌16S rDNA的PCR扩增 39 3.1.2.5 16S rDNA 文库的构建 39-41 3.1.2.6 阳性克隆的筛选及RFLP分析 41-43 3.2 结果与讨论 43-49 3.2.1 基因组DNA 的提取 43 3.2.2 细菌16S rDNA PCR 扩增 43 3.2.3 阳性克隆的筛选、RFLP 分析 43-49 第四章 小结 49-50 参考文献 50-58 发