外显子捕获讲述.pptxVIP

外显子捕获 外显子 是真核生物基因的一部分，它在剪接后仍会被保存下来，并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质。 在人类基因中大约有180,000个外显子，占人类基因组的1%，约30MB。人类基因组的蛋白编码区域大约包含85%的致病突变。 外显子测序 是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。是一种选择基因组的编码序列的高效策略，外显子测序相对于基因组重测序成本较低，对研究已知基因的SNP、Indel等具有较大的优势。 对肿瘤基因突变检测具有显著意义，因为外显子测序容易提高深度，可以轻易达到100X、200X。 而因为外显子捕获是有偶然性的，对小片段结构变异、拷贝数变异很难检测。 SeqCap EZ Human Exome Library v3.0 （Roche） SureSelectXT Human All Exon V6 （Agilent） TruSeq?Exome?Library?Prep?Kit? （Illumina） TruSeq?Rapid Exome?Library?Prep?Kit （Illumina）  罗氏2008 年推出 NimbleGen 序列捕获2.1M 外显子组芯片，随之在 2009 年底推出的 EZ 外显子组序列捕获能提供液相的工作流程并以 DNA 液相探针杂交来捕获目的片段。 SeqCap EZ Human Exome Library使用高密度探针的方法，主要是利用杂交和 DNA 微阵列技术基因分离原理来捕获目标区域。产物可以覆盖20000个以上的基因，超过二百万个DNA寡核苷酸探针捕获目标区域，覆盖区域的总大小可以达到64 Mb，编码区覆盖度达到97%以上，而且检测灵敏度较高。  KAPA Library Prep Kit SeqCap Pure Capture Bead Kit SeqCap Adapter Kit (A and/or B) KAPA HiFi HotStart ReadyMix SeqCap Hybridization and Wash Kit DNA Covaris打断仪 DNA 真空浓缩仪 金属浴 片段大小：180－220bp 测序平台：Illumina Genome Analyzer II、HiSeq 或MiSeq 测序仪 实验周期：2天 SureSelectXT Human All Exon V6 1 SureSelect Library Prep Kit. 2 SureSelect Target Enrichment Kit Indexing Hyb Module Box #2 3 Herculase II Fusion DNA Polymerase 4 SureSelect Target Enrichment Kit Box #1 片段大小：150-200bp 测序平台： Illumina HiSeq、 MiSeq 实验周期：2天 Illumina, TruSeq Exome Enrichment Kit 是近年来刚推出的一种溶液型的序列捕获方法，利用杂交选择分离出人类基因组中的目的外显子区域。 通过与目标区域特异的生物素标记DNA探针杂交，富集目标区域，富集的DNA片段随后从磁珠上洗脱，并杂交进行第二次富集反应，从而提高目的片段捕获的特异性。 而且较其他产品，illumina外显子捕获试剂盒价格更低。 TruSeq?Exome?Library?Prep?Kit 片段大小：150bp 实验周期：2.5天 TruSeq?Rapid Exome?Library?Prep?Kit 优势：试剂盒包含所有流程反应 试剂，周期缩短至1.5天 ENSEMBL、RefSeq： RNA databases CCDS： protein-coding databases UTRs： 非编码区 illumina外显子捕获试剂盒 可以捕获大量UTRs序列， 是其它试剂盒不具备的。 Agilent 试剂盒捕获的数据 更为集中 数据的有效性 A：平均读136.8 million数据，匹配数据占97.4% 、97.7% 、97.6%、98.95% 筛选后有效数据占54.8%、66.0%、71.7%、40.1% B：无效读数包括：非目标区域、PCR复制出来的相同分子、同一区域重复、错配 随机选取50 million