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Y染色体STR基因座的异常基因类型研究
Y染色体STR基因座的异常基因类型研究
Y染色体上p的核苷酸,其中95%为非重组区域。该区域的遗传多态性位点构成了整个基因组范围内信息量最大、最稳定的单体型,反应男性个体间独特的遗传进化关系。在司法鉴定领域,用Y-STR可以直接确定男女混合斑中男性的Y单体型,而无需分离提取DNA,这使检测工作不仅简单而且非常有效。在Y-STR分型结果中额外基因的出现通常解释为多个体的混合物。本次研究意在探究更多的Y-STR遗传信息,为法医学鉴定提供依据。在研究中发现了11个标本的Y-STR存在异常分型结果,包括STR位点出现额外基因或基因缺失,报道如下。
1材料与方法
1.1研究对象
本实验室2010-2014年亲子鉴定案例。选择孩子为男性的案例,分成2组:“排除父子关系”的为1组,共49例,98个标本;“支持父子关系”的为1组,共252例,509个标本,其中有1家为3子,有3家为2子。除1家为壮族,其余均为汉族。从籍贯上分大部分为南方汉族。
1.2试剂与仪器
Chelex100(美国SIGMA,批号:SLBG4989V);AmpFlSTRYfilerTM试剂盒(美国AppliedBiosystems,批号:1405114);LIZ500(美国AppliedBiosystems,批号:1203321);PowerPlexY23system试剂盒(美国Promega公司,批号:0000144994);CC5ILS500(美国Promega公司,批号:0000130455);Hidi(美国AppliedBiosystems,批号:1209224);电泳缓冲液10хbuffer(美国AppliedBiosystems,批号:1306423);POP-4凝胶(美国AppliedBiosystems,批号:1406151)。PCR扩增仪(9700,美国GeneCompanyLimited);3130xlGeneticAnalyzer(美国AppliedBiosystems)。
1.3方法
1.3.1提取DNA采用Chelex方法,从外周抗凝血中提取DNA。
1.3.2PCR扩增使用AmpFlSTRYfilerTM试剂盒对Y染色体上的16个STR位点进行复合扩增,。
1.3.3PCR产物的电泳分析PCR产物通过ABI3130XL型测序仪电泳,毛细管长度为36cm,进样时间15s,进样电压1.5kv,PCR产物用量1.0mu;L,生成的数据文件用GeneMapperID-X软件分析(AppliedBiosystems,版本号:1.4)。
1.3.4重复验证分析结果中获得的异常基因型使用PowerPlexY23system试剂盒进行重复验证。
1.4异常基因型发生率的计算“支持父子关系”的1组以案例数计算(252例);“排除父子关系”的1组视为随机人群,以标本数计算(98个)。
2结果
2.1单体型和基因突变另文报道。
2.2异常基因型图谱在“支持父子关系”的1组标本中,除了单个基因的一步突变以外,有9个标本出现了异常基因型图谱。第1对父子,其DYS385基因座为三带型图谱(13,14,18),其峰高比例约为1∶1∶2;第2对父子,其DYS385基因座为四带型图谱(13,17,18,20),其峰高比例约为2∶1∶1∶1;第3对父子,其DYS385基因座为四带型图谱(13,18,19,21),其峰高比例约为2∶1∶1∶1;第4对父子,其DYS439基因座为双基因图谱(12,13),其峰高比例约为1∶1;第5对父子中儿子的DYS389Ⅱ基因座为双基因图谱(28,29),其峰高比例约为1∶1,而其父该基因座的图谱正常,为单基因(28)。
2.3基因缺失的STR基因型图谱在“排除父子关系”的1组标本中有2个标本均在DYS448基因座发生了基因缺失。
2.4单基因座中出现多个基因和基因缺失的发生率分别为1.4%(5/350)、0.57%(2/350)。
2.5异常基因型的重复验证图谱。
3讨论
短串联重复序列(Shorttandemrepeat,STR),由2-6个碱基构成核心序列,呈串联重复排列,因个体间重复次数不同而形成高度多态性。由于Y染色体在减数分裂时不与其它染色体发生重组,因此普通的Y-STR基因座呈连锁遗传,1个标本的某个基因座的分型结果只有1个基因(1条谱带)。在司法领域中,用Y-STRs确认男女混合斑中男性的DNA非常方便而有效,可以直接确定Y单体型而无需分离提取DNA。在Y-STR中额外基因的
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