第四章-3D构型图-Chem3D概述.pptVIP

第四章、三维构型图的创建-Chem 3D 使用 动画控制菜单：用于动画播放控制以及绕某个轴进行旋转等 动画播放控制 分子绕轴/键旋转 (2) 构型基本操作方法 选择操作 放大、缩小操作 旋转操作 平移操作 对象属性(原子/键/标识)编辑操作 与其它软件的接口(构型的导入与导出) 需要激活建模(building) 工具条后进行 Building工具条说明： 选择按钮 整体平移 旋转 放大/缩小 移动原子或分子局部 定义键类型 由输入的文本创建构型 删除按钮 从View菜单中的Toolbars选项激活Building工具条 选择操作：利用工具条上的选择按钮 通过点击左键操作可选择单个原子/化学键，也可按住左键，选择分子的部分或整体。此外，可结合Shift键，选择多个原子或化学键。选择后的对象用黄色标记。 注：选择好对象之后，可用delete键删除原子或化学键. 选择单个原子/化学键 选择分子的局部 用Shift键选择多根化学键 选择整个分子 选择后的对象用黄色标记 放大、缩小操作 或用鼠标中间滚轮进行操作 旋转操作 当鼠标箭头在模型窗之外时，中间滚轮也可进行旋转操作(固定某一轴向) 其它特殊旋转操作 拖动指针调整旋转角度 手动输入旋转角度 旋转时相应调整坐标 绕x,y,z轴旋转 绕某根键旋转 通过旋转调整某个二面角 绕某根键旋转： 先选择一根键 通过旋转调整某个二面角： 先选择三根键 旋转过程中原子间的相对位置发生改变 平移操作 整体平移： 局部平移： 对象属性编辑操作 选择对象后，点击鼠标右键来修改对象属性 原 子 属 性 将该原子所用输入文本取代 选择一定距离或其它特定要求的原子 显示或隐藏 颜色设定 显示方式设定 显示元素符号/编号 原子范围 当修改元素类型时，程序会调整相应的键长并自动加氢原子 利用View菜单下的Cartesian Table来获取原子坐标： 窗口自动隐藏按钮 化 学 键 属 性 与原子属性内容类似 标出键长 修改键类型 当修改键的类型，程序会自动调整H原子的数目 可利用键长列表来修改键长： 与其它软件的接口(构型的导入与导出) 直接读取ISIS/draw所保存的skc文档； 直接读取Chemdraw所保存的cdx文档； 对于Weblab View所绘制的构型，存为mol格式后，可用Chem3D导入。 (3) 分子构型的创建 有三种方法： (a)利用Building工具中的单、双、叁键按钮来创建分子构型 按下单键工具按钮，按住鼠标拖动，绘制完一根C-C键后，释放鼠标按钮，然后再以其中一个C原子为起点，继续绘制其它键。最后根据需要修改原子或基团类型。 (b)利用Building工具中的文本工具按钮来创建分子构型 在文本区域内键入原子符号及数量(化学式)即可 创建4-甲基-2-戊醇的构型，CH3CH(CH3)CH2CH(OH)CH3，按下回车键即可 利用类似方法还可以在原结构上加入或修改取代基，通过文本工具点击任一需要添加取代基位置的原子，在文本区域写上新的基团(缩写或分子式均可) C6H5 或Ph 课堂习题： (1) 绘制反式1,2-二甲基乙烯，并利用旋转操作转化为顺式构型; (2)直接绘制丹参醌的三维构型图: (c)利用View菜单下的Chemdraw面板来创建分子构型(用于复杂分子的构造) 同步更新 追加构型 构型替代 从Chem3D复制构型到Chemdraw 构型自动调整 清除构型 锁定窗口 1. 分子构型的三维描述方法 直角坐标系方法 C 0.7 0.0 0.0 C -0.7 0.0 0.0 H 0.87 0.5 0.0 H -0.87 0.5 0.0 H -0.87 -0.5 0.0 H 0.87 -0.5 0.0 内坐标(z-matrix)方法 内坐标与直角坐标之间的区别在于，它侧重于从原子之间 的键连角度来描述原子间的相对位置，具体参数包括： 键长：两个原子间的距离( 需用两个原子描述) 键角：确定二根键之间的夹角(需用三个原子描述) 二面角：确定四个原子所在的两个平面之间的夹角 (需用四个原子描述) 内坐标的输入格式为： 原子1,原子2,键长,原子3,键角,原子4,二面角 1 2 3 4 键长 键角 二面角 C C 1 2 3 4 5 6 C C 1 1.3 H 1 1.0 2 120.0 H 1 1.0 2 120.0 3 180.0 H 2 1.0 1 120.0 3 0.0 H 2 1.0 1 120.0 3 180.0 在同侧共面 对同一构型，内坐标的表示并不唯一 C C 2 4 1 3 5 6 H C,1,1