F1MEY1基因的生物信息学例析.docVIP

ATAD2B保守核蛋白的生物信息分析 作者：许媛媛 联系方式：876346605@ 单位：德州学院生命科学学院生物科学专业 摘要：为了研究该基因的特性，本研究运用生物信息学的方法对ATAD2B（是在神经元分化和肿瘤发生表达了进化上很保守核蛋白） F1SHA1基因及其氨基酸序列的同源性、理化性质、保守结构域、亚细胞定位、信号肽、跨膜结构域、亲水性/疏水性、二级结构、功能预测以及磷酸化位点等进行预测分析。结果表明在在神经元分化和肿瘤发生表达保守核蛋白，F1SHA1基因共编码1465个氨基酸。相对分子量为165453.8 Da，带负电，偏酸性。F1SHA1在280 nm 的波长下的消光系数为 85980M－1·cm－1 ， 其半衰期为 30小时，其结构不稳定。根据信号肽假说，可以推测出此蛋白不是分泌蛋白。F1SHA1 只含有 1 个属于 GNS1/SUＲ4家族的保守结构域，运用 PSOＲT 工具预测F1SHA1的亚细胞定位，该基因可能位于细胞骨架、细胞质、 核上。该基因蛋白的最可能的功能是运输和结合。它的蛋白质的二级结构是指多肽链主链骨架盘绕折叠而形成的构象， 借氢键维系。 关键词：多克隆抗体ATAD2B：F1SHA1；信号肽；生物信息学 1、生物信息学分析 运用 NCBI 和 ProtParam 进行核酸和氨基酸序列组成和理化性质分析;运用 NCBI、 PSOＲT、 SignalP、 ProtScale 和 KinasePhos、 ProFunPymol 绘制三级分子结构图;运用NCBI 和 MEGA 进行氨基酸序列的序列比对和同源性分析。所用软件或在线网站有关信息见[表 1]。表 1 预测基因结构和功能应用的网站及软 编号 名称 网址 主要功能 1 ProtParam http:/ /web．expasy．org/protparam/ 对蛋白质理化性质的预测 2 NCBI http:/ /www．ncbi．nlm．nih/gorf/orfig．cgi http:/ /www．ncbi．nlm．nih．gov/Structure/cdd/wrsb．cgihttp:/ /blast．st- vancbi．nlm．nih．gov/Blast．cgi http:/ /psort．hgc．jp/form．htmlSignalP ［8 ］ http:/ /www．cbs．dtu．dk/services/SignalP/ http:/ /www．cbs．dtu．dk/services/ ProtScale http:/ /web．expasy．org/protscale/ KinasePhos ［10 ］ http:/ /kinasephos2．mbc．nctu．edu．tw/index．html ProtFun ［11 ］ http:/ /www．cbs．dtu．dk/services/ProtFun http:/ /bioinf．cs．ucl．ac．uk/psipred 2.2 F1MEY1 氨基酸一级结构及理化性质预测 通过 ExPASy ProtParam 在线预测 F1MEY1 基因编码的氨基酸序列的组成成分和理化质。结果显示这1465个氨基酸原子组成式为C7176H11537N2111O2263S58共 23145个原子， 相对分子质量为165453.8 Da。其带正电荷氨基酸数目(215)大于其带负电荷氨基酸数目(228)， 等电点(PI) 为6.42， 偏酸性。F1MEY1在280 nm 的波长下的消系数为 85980M－1·cm－1 ， 其半衰期为 30小时，脂肪数为76.57， 不稳定系数分值为57.22， 大于40， 推测此蛋白质结构不稳定。 2.3 F1MEY1 信号肽预测 根据 Signal P4．1 Server 软件预测F1MEY1 信号肽的结果如表 2 所示。其中 C 代表剪切位点的记分， 越高表示出现剪切位点的可能性就越大。S 表示信号肽记分， 高分位置表示相应的氨基酸位于信号肽部分概率较大， 低分位置表示位于成熟蛋白部分。Y 是基于 C 和 S 的综合记分， 通常被视为最理想的剪切位点， 具有最高的 C 值， 同时又是 S 值由高转低的位点。D 记分值是 S 和 Y 的加权平均值。ELOVL7 的 C、 S 和 Y 的最高得分分别为 0、33、 0.82和 0.32， 均远低于 0．5， 因此可以推测出 F1MEY1 基因所编码的蛋白不存在信号肽。根据信号肽假说，可以推测出此蛋白不是分泌蛋白。 表2 F1SHA1信号肽预测 指标