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用两周穿越140亿年.doc
用两周穿越140亿年 自古以来,人们把前知500年、后算500年的人称为神算子,但是在我们生活的这个宇宙空间里,能将140亿年发展过程都算出来的人我们该称他们为什么?利用两周的时间将宇宙140亿年的演变过程计算得清清楚楚,这看起来是天方夜谭,但中国科学院(以下简称中科院)的超级计算中心(以下简称超算中心)却将这一切变为现实。 中国科学院超级计算中心(以下简称中科院超算中心)隶属于中科院计算机网络信息中心(以下简称网络中心),是中科院超级计算环境总中心。在科技部支持下,中科院超算中心于2013年成为超级计算创新联盟的依托单位。此外,中科院超算中心还是中国国家网格北方的主节点。 在“十一五”、“十二五”期间,中科院超级计算环境总中心聚合了分布在全国各地的30多个中科院研究所和北京、上海、天津、济南等14家超算中心的计算资源,高性能计算基础服务环境初具规模。 早在2010年,中科院超算中心就与多个天文台进行合作,使用了2048个核心,经过两周的连续计算,将60TB数据可视化后,得到90TB数据,最终模拟了整个宇宙的140亿年过程,将天方夜谭活生生地展现在我们面前。 日前,记者与中科院超算中心主任助理王彦??先生进行了交流,了解了目前中科院超算中心在高性能计算方面的一些应用情况、使用心得,以及中科院超算中心未来的发展规划。 硬件升级 软件调优 随着高性能计算的不断发展及社会各界关注度的不断提高,迈向百亿亿次超算系统俨然已经成为了整个行业明确的发展方向。然而,在提高计算能力过程中,超算中心所面临的挑战也在不断变化。为了适应计算需求的变化,中科院超算中心在1996年就引进SGI机器。此后,中科院超算中心陆续引进了包括近百亿次计算能力的日立(1998年)、逾千亿次计算能力的国产曙光2000 II(2000年)、5万亿次的国产联想深腾6800超级计算机(2003年)、SGI高性能可视化计算机系统(2004年)、IBM CellBE计算集群(2007年)、百万亿次深腾7000超级计算机(2008年)在内的多款超级计算机,而必威体育精装版的 “元”超级计算机,计算能力更将突破一个新的极限。在硬件的不断更新中,中科院超算中心的计算能力也获得了稳步提高。 除了强大的硬件设施,软件优化更应该被业界重视。“中科院超算中心除了为用户提供计算服务之外,同时也与其他的科研单位或者相关的科研机构进行合作。”中科院超算中心主任助理王彦??表示,“我们将与这些机构一起,共同开发包括可视化、并行算法和并行软件等在内的相关高性能计算软件。” 强强联合 全面合作 借助拥有更高效率的并行计算技术,科学研究和产品研发得以提速,进而提高了国家和企业应对产业升级、经济发展等社会经济挑战的能力。但是,自该技术大规模投入使用后,其软件优化与硬件发展之间存在的差异问题始终困扰着学术界和最终用户。为了让更多的软件代码实现改造,使之释放并行计算硬件平台的潜能,英特尔并行计算中心于2013年正式启用。至今,英特尔已在全球15个国家,与数十所大学和科研机构协作成立了50多个并行计算中心。并行计算中心可促进跨领域的开发者、科学家和技术专家进行技术培训和交流。 今年4月,英特尔公司与中科院超算中心达成合作,启动了中国首家英特尔并行计算中心(Intel PCC)。中国英特尔并行计算中心结合了英特尔并行计算平台的优势与中科院雄厚的并行计算人才力量,对推进软件代码从串行转向并行,从传统计算平台转向并行计算平台的代码现代化(Code Modernization)进程起到了促进作用。并且,该中心还围绕分子动力学模型进行探索。通过应用LAMMPS进行并行优化,同时采用相场动力学模拟软件,来完成上述工作。这些工作将为材料科学、生命科学、计算化学、计算物理等领域的应用提供计算支持。 谈及目前英特尔并行计算中心的主要工作,王彦??表示,该中心目前正在建设“元”超级计算机。“元”超级计算机分为两期建设,第一期平台总峰值303.4Tflops(已完成),这一期主要做CPU节点,因此仅采用了40个至强融核节点和30个GPU节点,而今年9月即将开建的第二期平台几乎将全部采用至强融核节点,总峰值为2.056Pflops。因此,英特尔并行计算中心所做的代码并行化工作正是为将来更高效地使用“元”超级计算机做准备工作。 中科院超算中心将中国英特尔并行计算中心的工作分成两部分,第一部分是专门开发刚性偏微分方程求解器。该求解器目前可以应用在很多领域,包括计算力学、材料科学、化学、生物科学等。“优化前,在一个节点上发挥的性能是理论性能的百分之六七,CPU一个节点大概是十几GB flops”,中科院超级计算中心主任助理王彦??介绍道:“为了提升整个系统的性能,我们
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