怀乡鸡mtDNA+D-loop区遗传多样性分析.pdfVIP

l8 ofthe12‘hNational onAnimalGeneticMarkers Proceeding Symposium 怀乡鸡mtDNA D-loop区遗传多样性分析 潘武艺，苏瑛‘，曹五七，马佳雄 (广东海洋大学，湛江524088) 引言 怀乡鸡原产于信宜市怀乡镇，是当地人民在长期的生产生活中选育而成的地方品种。怀 乡鸡单冠直立，眼睑皮呈红色，虹彩呈橙红色，瞳孔黑蓝色，喙黄褐色，具有皮薄、骨细、 肉味鲜美、适应性强、成活率高等优点，但产蛋少、蛋重轻、生长速度较慢。怀乡鸡是广东 养鸡业的宝贵遗传资源，但长期以来受人们的关注和研究较少，对其种质遗传特性也知之甚 少，由于缺乏系统的选育，出现部分鸡群退化严重的情况。线粒体DNA(mtDNA)具有母系遗 传、进化快速和极少发生重组等特点，常被用于研究种间及种内进化关系和遗传多样性。其 中mtDNA控制区(mtDNA D—Loop)是线粒体基l丈1组中最主要的非编码区，突变率是编码区 的数倍，是线粒体中碱基序列和长度变异最大的K域，富含A、T碱基，存在着丰富的序列 变异，在进化过程中积累了更多的突变并忠实地保留下来，适用于种内进化和品种起源分析。 本试验利用DNA测序技术通过对怀乡鸡mtDNA D—Loop序列之间的变异情况进行遗传多态 性和系统分析，从母系遗传角度探讨怀乡鸡的群体遗传背景，旨在为其有效保种和选育利用 提供理论依据和遗传背景资料。 材料方法 ． 本研究中，怀乡鸡22个血样采自广东信宜，翅下静脉采血，血样ACD抗凝，全血加 入裂解液中，一20℃冰箱保存备用：参照《分子克隆实验指南》的方法提取，并稍加修改： 提取的基凶组DNA经琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度法双重检测其纯度和浓度，调整DNA 化试剂盒纯化回收后，由上海生工生物工程有限公司对每个样品正反双向测序，以确保序列 的准确性。利用MEGA4．1、DNASP4．50软件统计分析。 结果 测序结果通过Chromas软件读取并人工校正。在所分析的mtDNA D．100p序列中，核苷 酸的变化主要为转换／颠换，突变位点均为两核苷酸间的差异，转换中以C／T转换频率最高 84个，G／A16个，未见插入／缺失，结果与已有的报道相同；怀乡鸡共检测到21个突变位 点，约占核苷酸总数的4．00％，其中单一变异位点8个，简约信息位点13个；T，C，A和 G平均含量分别为30．2％，30．2％，26．7％和12．8％；怀乡鸡D—loop区序列存在9种单倍型， 单倍型多样度为0．81士0．062；群体内序列间核苷酸差筹异的平均数5．818，核营酸多样度 0．0115，表现出较高的核苷酸多样度，表明怀乡鸡有较高的遗传多态性。为了了解怀乡鸡的 群体母系遗传分化情况，本研究选用GenBank已发表的两个红色原鸡亚种Gallus gallus 外群， 对所测序列采用NJ法构建了系统发生树。聚类分析显示怀乡鸡聚为A、B、C三个 世系，其中，A世系又可分出2个小分化枝，说明怀乡鸡在母系血统上存在较大遗传分化。 红色原鸡Gallus gallusgallus聚集在B世系，而日本鹌鹁Coturnixjaponica独为一支。 讨论 家鸡mtDNA D．100pⅨ在整个mtDNA上的位置为1～1232bp，其中第1高变区位置在 l～500bp之间，以其为遗传标记所进行的群体遗传学研究，可从母系遗传角度阐明群体的 遗传结构和遗传分化。本研究所检测的序列长度为560bp已覆盖了第1高变区全长。对于核 酸序列来说，核苷酸多样度是衡量群体遗传变异程度的重要指标，核苷酸多样度越大，群体 遗传变异程度越高。本研究结果显示怀乡鸡平均单倍型多样度、核营酸多样度结果等参数均 高于已发表仙居鸡等鸡品种的结果，揭示怀乡鸡核外基冈组遗传多样性较高，本研究系统树 结果也