基于RNA-Seq技术的甘蔗参考转录组建立及分析.pdfVIP

分子植物育种，2015年，第 13卷，第2期，第355—360页 MolecularPlantBreeding，2015，Vo1．13，No．2，355—360 研究报告 ResearchReport 基于RNA—Seq技术的甘蔗参考转录组建立及分析 李穆 程志远 石莹 何平 王先宏 何丽莲 李富生 ‘ 云南农业大学甘蔗研究所，昆明，650201 通讯作者。Lfs810@sina．tom 摘 要 本研究基于RNA．Seq技术建立了一个 由3个甘蔗原始亲本和8个不同来源的甘蔗栽培品种 ／系构 成的甘蔗参考转录组，并进行生物信息学相关分析。研究结果表明：对供试材料+1叶RNA混合样本进行转录 组测序，可组装出98945条Contig，从中找到5806个SSR位点，其中三核苷酸重复最多、六核苷酸重复最少， CCG／CGG出现的频率最高。进一步处理 Contig获得 75656条Unigene，将所有的Unigene与Nr数据库、 Swiss-Prot数据库、KEGG数据库和 cOG数据库进行Blast，有 53951条Unigene得到注释。在Nr和KEGG 注释结果基础上，对Unigene进行GO和KEGG功能分类，分别获得44个功能小组和 123个Pathway注释。 研究结果可为研究甘蔗在不同时空条件下的差异基因表达奠定基础。 关键词 甘蔗，RNA．Seq，参考转录组，Unigene，SSR EstablishmentandAnalysisonReferenceTranscriptomeofSugarcaneBased onRNA—SeqTechnology LiMu ChengZhiyuan ShiYing HePing W angXianhong HeLilian LiFusheng’ SugarcaneResearchInstituteofYunnna AgriculturalUniversity，Kunming，650201 ’Correspondingauthor,L~810@sina．tom DOI：10．132718．mpb．013．000355 Abstract Thisresearchestablishedareferencetranscriptomeofsugarcanewhichconsistsofthreesugarcnae parentsnadeightsugarcnaecultivars／linesfrom differentsourcesbasedonRNA—Seqtechnology．Byrelated bioinofrmaticsanalysis，theresultsshowedthat98945contigswereobtainedthrouhg sequencingthemixed samplesofsugarcnae+1leafbytrna scriptomesequencing．Thereare5806SSR lociwerefoundin98945contigs． ThecharacteristicofSSR distribution showedthattri·nucleotiderepeatwasthehighest，andthe lowestwas hexanucleotiderepeat．ThetypesofSSRwereanalyzedthatCCG／CGGwasthehihgestrepeat．Byfurther processingofcontigs，75656unigeneswereobtained，ofrwhich 53951unigeneshadbeenannotatedthrough blastingwithNrdatabase，Swiss—Protdatabase，KEGG databaseandtheCOG database．BaseonresultsofNrand KEGGannotation，44functionalgroupsand123pathwayswereobtainedthrouhg GOandKEGGfunctional classification．Theseresultslaidhtefoun dationofrstudyingthegene’Sexpressionofsugarcaneatspatialnad temporaldifference． Keywords Sugracnae，RNA-Seq，ReferenceTranscriptome，Unigene，SSR 甘蔗(SaccharumofficinarumL．)是中国最主要的 密切的有 5个种：热