基于片段分析系统的转录起始位点鉴定技术：从预测到结果评估.docVIP

 n 基于片段分析系统的转录起始位点鉴定技 术：从预测到结果评估# 黎志凤1，张文燕1，刘杨2，王岩1，朱丽萍1，李越中1** 5 10 15 20 25 30 35 40 （1. 山东大学生命科学学院，微生物技术国家重点实验室，济南 250100； 2. 山东大学数学学院，济南 250100） 摘要：【目的】以遗传片段分析仪内标法替代传统放射性标记引物延伸技术进行样本转录起 始位点（TSS）鉴定分析，弥补现有荧光引物延伸技术应用于未知样本缺乏前期预测分析和 后期结果评估，形成一套基于遗传片段分析仪内标法鉴定未知样品 TSS 的完整技术方案。 【方法】以粘球菌 DK1622 来源的双拷贝 GroELs 基因为素材；首先从预测出发，利用数据 库进行启动子和转录起始位点预测；根据预测结果设计合成荧光标记引物进行靶标 mRNA 的反转录；应用遗传片段分析技术内标法鉴定分析双拷贝 GroELs 基因簇转录起始位点 （TSS），并应用正态分布理论进行鉴定结果评估。【结果】实验鉴定的 GroELs 转录起始 位点（TSS）落在预测的启动子范围内，但预测的 TSS 位点精确性存在一定偏差；实验测量 误差可通过正态分布理论进行评估。【结论】以生物信息学预测分析作方向性指导，利用遗 传片段分析仪鉴定转录起始位点（TSS），借助正态分布理论对鉴定结果评估，可明确 TSS 最真实位点的可能性，从而形成完善技术方案。 关键词：分子生物学；遗传片段分析系统；转录起始位点（TSS）；引物延伸；GroEL 中图分类号：Q75 Transcriptional start site analysis technique based on genetic fragment analysis system：From prediction to data evaluation LI Zhifeng1, Zhang Wenyan1, Liu Yang2, Wang Yan1, Zhu Liping1, Li Yuezhong1 (1. State Key Laboratory of Microbial Technology, College of Life Science, Shandong University, Jinan 250100, China; 2. School of Mathematics,Shandong University, Jinan 250100) Abstract: [Objective] Utilize the genetic fragment analysis system to substitute the traditional radioactive method for transcriptional start site (TSS) determination technique whereas integrate it with the early predictive analysis and later results assessment, thus set a complete technology pipeline for unknown TSS identification. [Methods] The TSSs of GroEL genes from M. xanthus DK 1622 set as a target. Firstly, the possible TSSs was predictive analyzed through bioinformatics database; According to prediction, fluorescence labeled primer was designed and synthesized to carry out reverse transcription reaction; Genetic fragment analysis system was utilized to identify TSSs with internal standard method; Normal distribution theory was applied to evaluate the result. [Results] The TSS from experiments fall within the predicted promoter region, but the predicted accuracy deviate from the experimental result; the experiment measuring error can be