阿尔茨海默病相关基因的生物信息学分析.docVIP

 n 阿尔茨海默病相关基因的生物信息学分析# 李长征1，王慧1，吕蔚然2，周烨3** （1. 南方医科大学南方医院，广州 510515； 5 10 15 20 25 30 35 40 2. 南方医科大学第一临床医学院，广州 510515； 3. 南方医科大学基因工程研究所，广州 510515） 摘要：目的 用生物信息学方法探讨阿尔茨海默病的发病相关基因，为阿尔茨海默病的基础 研究和临床治疗提供新思路。 方法 从基因芯片公共数据库 GEO 中下载阿尔茨海默病相关 基因芯片数据，利用 String、KEGG、Panther 等在线分析软件对差异表达基因进行生物信息 学分析。 结果 在 34 个差异表达基因所编码的蛋白中，有 25 个蛋白与其它蛋白存在相互作 用关系；其涉及多种生物学通路，与多个生物学过程和分子功能相关。 结论 通过生物信息 学分析阿尔茨海默病相关基因芯片数据，提示该病是多种基因相互作用的结果，其中与钙离 子信号相关基因关系较密切，需要对差异表达基因进行深入研究以揭示阿尔茨海默病的发病 机制。 关键词：阿尔茨海默病；基因芯片；生物信息学 中图分类号：R742.1 Bioinformatic analysis of genes related to alzheimers disease Li Changzheng1, Wang Hui1, Lv Weiran2, Zhou Ye3 (1. Nanfang Hospital, Southern Medical University, Guangzhou 510515; 2. First Clinical Medical College, Southern Medical University, Guangzhou 510515; 3. Institute of Genetic Engineering, Southern Medical University, Guangzhou 510515) Abstract: Objective To investigate the genes associated with alzheimers disease. Methods The microarray data of alzheimers disease were downloaded from the Gene Expression Omnibus (GEO) database and analyzed by bioinformatics methods using String, KEGG and Panther databases. Results Of all the 34 differentially expressed genes, 25 were found to encode proteins with interactions; they refer to multiple biological pathways, biological processes and molecular functions. Conclusion The pathogenesis of alzheimers disease involves multiple genes, especially the genes with Ca2+ signaling, and investigations of these genes may provide valuable insights into the mechanism of alzheimers disease. Key words: alzheimers disease; DNA microarray; bioinformatics 0 引言 阿尔茨海默病（Alzheimers disease，AD）又称老年痴呆，是一种常见的中枢神经系统 退行性病变，多发于老年人，以进行性的记忆和认知功能下降、行为异常和社交障碍等为临 床表现[1]。其主要病理特征包括老年斑（senile plaque，SP）形成、神经元纤维缠结 （neurofibrillary tangle，NFT）、海马椎体细胞颗粒空泡变性和神经元缺失等[2]。对于 AD 的发病存在多种假说，但均不能完整地解释其发病机制。在本研究中，我们利用来自基因芯 片公共数据库 Gene Expression Omnibus（GEO）的一组芯片数据，对 AD 的相关基因进行生 物信息学分析，以期进一步理解 AD 的发病机制。 基金项目：高等学校博士学科点专项科研基金（20114433120019）；国家自然科学基金；广 东省自然科学基金（S2011040