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乳腺癌相关基因研究的国内外文献综述
1乳腺癌相关基因研究现状与分析
随着高通量基因组、转录组、多组学等测序技术的迅速崛起,面向乳腺癌的精准医疗开启了崭新的篇章。Stephens等REF_Re\r\h[3]通过对乳腺肿瘤基因组的测序以探究细胞拷贝数变化及蛋白编码基因外显子的突变情况,发现100个肿瘤中至少存在40种癌症基因和73种不同突变癌症基因组合中的驱动突变,同时发现了乳腺癌9个新驱动基因,包括CASP8、MAP3K1、CDKN1B等。Sun等REF_Re\r\h[4]通过对中国8000名乳腺癌患者进行全外显子测序以检测乳腺癌易感基因中的种系突变,发现9.2%的癌症患者存在致病基因突变,包括ATM、PALB2、BRCA1、BRCA2基因等。Robinson等REF_Re\r\h[5]对转移性乳腺癌患者进行转录组测序,发现50%以上乳腺癌患者存在ESR1突变。
纵观国内外研究可以发现,高通量测序技术能够让研究人员在分子水平上检测到乳腺癌基因表达水平,从而发现特定的乳腺癌关键基因。乳腺癌易感基因可以评估乳腺癌家族遗传风险,乳腺癌耐药基因可以指导癌症预后用药,乳腺癌驱动基因在细胞增殖、转录调节方面均发挥重要作用。尽管传统高通量测序已被广泛应用到乳腺癌研究上,但由于乳腺癌的异质性特质,信号通路一致的突变基因其乳腺癌表型可能相似,同时相同细胞类型的细胞也可能存在遗传信息的差异,传统测序方法在多细胞水平上得到的信号值丢失了乳腺癌异质性信息,因此在单细胞尺度下的测序技术掀起了乳腺癌研究的新浪潮。
2乳腺癌相关单细胞测序技术研究现状与分析
近年来,由于单细胞测序技术填补了期望(仅研究某些特定类型细胞)与现实(仅可以检测多种混合细胞的均值)之间的巨大裂隙,因此在乳腺癌研究上逐渐涌现出大量与单细胞测序技术相关的优秀工作。2017年ChungREF_Re\r\h[6]等利用单细胞转录组测序分析了来自4种乳腺癌亚型共11名患者的515个单细胞,发现绝大部分非癌细胞属于免疫类的细胞,包括B淋巴细胞、巨噬细胞群及T淋巴细胞,这些乳腺癌样本中的先天性和适应性免疫细胞群都显示出了免疫抑制基因表达特征。而T淋巴细胞除具有免疫抑制性外还具备调节性或衰竭性表型,巨噬细胞存在的表型则为M2表型,从而揭示了乳腺肿瘤浸润免疫细胞的异质性。KimREF_Re\r\h[7]等利用单细胞测序分析了20位三阴性乳腺癌(Triple-negativebreastcancer,TNBC)患者化疗前后的6862个细胞,发现化疗后通过转录重编程能够获得乳腺肿瘤细胞的耐药性表达谱,为检测三阴性乳腺癌的化学抗性克隆提供了机会,并能够预测化疗的受益性人群,对克服化学抗性的治疗策略具有重大作用。
以上研究通过单细胞测序技术深入地揭示了乳腺癌的细胞类型特异性基因及基因调控通路。但由于单细胞测序的高昂成本,基于单细胞测序技术的乳腺癌特异性基因识别仅在小规模样本下进行了探究,导致了每个课题组研究的单细胞数量虽大却都来源于有限的样本,从而使测序及分析结果包含个体差异性,研究结论难以普适到大规模人群中。因此为降低乳腺癌细胞类型特异性基因的假阳性率,丰富对照组样本量,实现跨平台、跨批次的乳腺癌单细胞测序数据整合具有重要意义。
参考文献
WorldHealthOrganization.Internationalagencyforresearchoncancer[J].2019.
GerlingerM,RowanAJ,HorswellS,etal.Intratumorheterogeneityandbranchedevolutionrevealedbymultiregionsequencing[J].NEngljMed,2012,366:883-892.
StephensPJ,TarpeyPS,DaviesH,etal.Thelandscapeofcancergenesandmutationalprocessesinbreastcancer[J].Nature,2012,486(7403):400-404.
SunJ,MengH,YaoL,etal.Germlinemutationsincancersusceptibilitygenesinalargeseriesofunselectedbreastcancerpatients[J
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