油点草叶绿体基因组密码子使用偏好性分析.pdfVIP

浙江理大学学招第53米日.2025年5日

JournalofZhejiangSci-TechUniversity

202501

DOI:10.3969/j.issn.1673-3851(n).2025.03.010

油点草叶绿体基因组密码子使用偏好性分析

李红，周梦丽，王霞，郭蕾，王瑞红

（浙江理工大学生命科学与医药学院，杭州310018）

摘要：为分析油点草（Tricyrtismacropoda）叶绿体基因组的密码子使用偏好性，探究其密码子使用模式及影

响因素，运用CodonW1.4.2、CUSP和SPSS20.0软件计算油点草叶绿体基因组密码子的相关参数并绘制相应的统

计图。结果表明：油点草叶绿体中53个蛋白质编码序列（CodingsequenceCDS)的3个密码子位点GC平均值由大

到小分别为46.63%（GC1）、39.74%（GC2)和29.05%（GC3），有效密码子数目（Effectivenumberofcodon，ENC）平

均值为46.96，远大于35.00；密码子适应指数（Codonadaptationindex，CAI)在0.11～0.31之间，密码子偏好性受到

多种因素的影响，但自然选择是主要驱动力；CUU、UAU、CGA等7个密码子被确定为最优密码子，且都偏好以A

或U结尾。该论文结果可为油点草属系统发育关系和叶绿体基因组中密码子的演化研究提供科学依据。

关键词：油点草；叶绿体基因组；密码子偏好性；最优密码子；自然选择

中图分类号：Q943.2文献标志码：A文章编号：1673-3851（2025）05-0377-08

周梦丽油点草叶绿体基因组密码子使用偏好性分析.浙江理工大

引文格式：李红，学学报（自然科

学),2025,53(3):377-384.

ReferenceFormat:LIHongvei,WANGXia,etal.Analysisofcodonusagebiasinthechloroplast

genome

ofTricyrtismacropodal53(3):377-384.

[J].JournalofZhejiangSci-TechUniversi

Analysisofcodonusagebiasinthechloroplastgenomeof

Tricyrtismacropoda

LIHong,ZHOUMengli,WANGXia,GUOLei,WANGRuihong

(CollegeofLifeSciencesandMedicine,ZhejiangSci-TechUniversity,Hangzhou310018,China)

Abstract:TodeeplyanalyzethecodonusagebiasinthechloroplastgenomeofTricyrtismacropoda

andexploreitscodonusagepatternsandinfluencingfactors,CodonW1.4.2,CUSPandSPSS20.Owere

usedtocalculatetherelevantparametersandprod