山核桃属叶绿体基因组微卫星特征分析及分子标记开发.pdfVIP

分子植物育种，2024年，第22卷，第22期，第7421-7428页

MolecularPlantBreediNo.22,7421-7428

研究报告

ResearchReport

山核桃属叶绿体基因组微卫星特征分析及分子标记开发

娄文睿12莫正海12杨旭风12翟敏12郭忠仁12宣继萍1,2*

1江苏省中国科学院植物研究所，江苏省植物资源研究与利用重点实验室，南京，210014;2江苏省中国科学院植物研究所，江苏省农业种质资

源保护与利用平台，南京，210014

*通信作者,xuanjiping@cnbg.net

摘要本研究利用山核桃属6个不同物种的叶绿体基因组(chloroplastgenomeDNA,cpDNA)序列信息，分

析其简单重复序列(chloroplastsimplesequencerepeat,cpSSR)特征及开发分子标记。结果表明，山核桃属各物

种叶绿体平均长度为163048bp，每个基因组平均有224个微卫星，cpSSR分布频率平均约为1.37个/kb。山核

桃属cpSSR以A/T类型的单核苷酸重复基序为主，占微卫星总数的85.79%，各物种碱基重复基序类型较

为一致；cpSSR在叶绿体基因组上的分布主要集中在大单拷贝区(largesinglecopy,LSC)和小单拷贝区(small

singlecopy，SSC)，在两个反向重复序列(invertedrepeatsequence，IRa和IRb)分布最少；山核桃属各物种

cpSSR主要分布于cpDNA的非编码区。以薄壳山核桃的cpSSR为基准，其他物种与其进行BLAST比对，结

果发现共有62种cpSSR（包括34种完全型，28种复合型cpSSR)具有种间差异，对具有种间差异的cpSSR

进行引物设计，共成功设计出61对引物。以山核桃属5个物种共9个样品的DNA为模板，对这61对引物

进行PCR扩增。选用的61对引物中有49对引物扩增出的产物有目的条带，其中6对引物扩增良好，在种间

具有明显的多态性。本研究为山核桃属植物的遗传多样性、系统发育、种质资源鉴定等研究提供理论基础。

关键词山核桃属；cpSSR标记；叶绿体基因组；薄壳山核桃

CharacterizationofMicrosatelliteinChloroplastGenomeoftheGenus

CaryaandMarkerDevelopment

LouWenruil,2MoZhenghail2YangXufengl.2ZhaiMin1,2GuoZhongrenI,2XuanJiping.2*

1JiangsuKeyLaboratoryfortheResearchandUtilizationofPlantResources,InstituteofBotany,JiangsuProvinceandChineseAcademyofSciences,

Nanjing,210014;2TheJiangsuProvincialPlatformforConservationandUtilizationofAgriculturalGermplasm,InstituteofBotany,JiangsuProvince

andChineseAcademyofSciences,Nanjing,210014

*Correspoondloing@cnbg.net

DOI:10.13271/j.mpb.022.007421

AbstractInthisstudy,thechloroplastgenomeDNA(cpDNA)sequenceof6speciesinCaryawereusedtoana-

lyzethecharacteristicsoftheirchloroplastsimplesequencerepeat(cpSSR)anddevelopmarkers.Theresults

showedthattheaveragelengthofchloroplastgenomeinCaryawas163048bp,withanaverageof224microsatel-

lites,andtheaveragedistributionfrequencyofcpSSRwasabout1.37/kb.I