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分子植物育种,2020年，第18卷，第13期，第4368-4376页

MolecularPlantBreeding,2020,Vol.18,No.13,4368-4376

研宄报告

ResearchReport

基于苎麻转录组测序的SSR序列分析及EST-SSR标记开发

许岳军1马玉申1董静宇1梁波1张英1汪娅梅1揭雨成p邢虎成c

1湖南农业大学，苎麻研宄所，长沙,410128;2湖南农业大学，湖南省作物种质创新与资源利用重点实验室，长沙,410128

*共同通信作者，ibfcjyc@;xhcsoldier@163.com

摘要为加快苎麻分子遗传学研究和分子标记辅助育种，本研宄利用转录组测序技术开发苎麻EST-SSR

标记，筛选到48547条Unigene，覆盖31Mb的片段长度，对所筛选到的Unigene进行SSR分析后，利用

Primer3.0批量设计引物，随机挑选1214对EST-SSR引物对表型性状差异较大的8份苎麻种质资源进行

PCR扩增及聚丙烯酰胺电泳检测，以期得到可利用的EST-SSR标记。结果发现，在48547条Unigene中含

有SSR的共有13770条，共有19964个SSR位点，平均每2.43条EST发现一个SSR、每1.55kb含有1个

SSR»在19964个SSR位点中，主要为单、二核苷酸，占总数的83.6%，三核苷酸重复单元占14.98%,其余核

苷酸重复单元占比共为1.42%;去掉单核苷酸重复单元，共设计3579对SSR引物，从中随机选择1214对

EST-SSR引物对8份苎麻种质进行SSR引物筛选及多态性分析。1214对引物中有216对引物表现出良好

的多态性，占总引物的17.79%;扩增条带数为2~5;Shannon指数为0.2338〜1.4615;PIC值为0.1103-0.7009。

通过遗传相似性分析，上述8份种质遗传相似性系数为0.6690〜0.8595,在相似系数为0.72处可将8份种质

分为3类。本研宄开发的EST-SSR引物可为苎麻及其近源物种遗传多样性分析，遗传图谱构建及分子标记

辅助育种等研究提供帮助。

关键词苎麻(Boe/imerkmWa)，转录组，EST-SSR

SSRSequenceAnalysisandEST-SSRMarkerDevelopmentBasedon

RamieTranscriptomeSequencing

XuYueJun1MaYushen1DongJingyu1LiangBo1ZhangYing1WangYamei1JieYuchengXing

Hucheng

1RamieInstituteofHunanAgriculturalUniversity,Changsha,410128;2HunanProvincialKeyLaboratoryofCorpGermplasmInnovationandUtiliza­

tion,HunanAgriculturalUniversity,Changsha,410128

*Co-correspondingauthors,ibfcjyc@;xhcsoldier@163.com

DOI:10.13271/j.mpb.018.004368

AbstractInordertoacceleratethemoleculargeneticresearchandmolecularmarker-assistedbreedingoframie,

thispaperdevelopedramieEST-SSRmarkersbytranscriptomesequencingtechnology,andscreened48547Uni­

genes,with31Mbinfragmentlength.AfteranalyzingtheselectedUnigene,primersweredesignedbythesoft­

ware