病毒宏基因组学检测猪博卡病毒及其遗传进化分析.pdfVIP

中国兽医杂志2024,60（4）：50-57

ChineseJournalofVeterinaryMedicine

D01:10.20157/j.cnki.zgsyzz.2024.04.007

病毒宏基因组学检测猪博卡病毒

及其遗传进化分析

孙晓瑜1-23，单虎12.3，黄娟1,2.3

（1.青岛农业大学动物医学院，山东青岛266109；2.山东省预防兽医学重点实验室，山东青岛266109；

3.山东省兽药诊断试剂工程技术研究中心，山东青岛266109）

摘要：为了探明导致某养猪场中仔猪腹泻的病原，本试验将患病仔猪样本处理并提取核酸后进行病毒宏基因组测序，对测

序结果进行序列比对分析和遗传进化分析，并对样本核酸进行PCR检测验证。结果显示，RNA样本中只注释到A型流感病毒

（H1N1和H3N2），读数比为6.8%，未发现其他猪病相关RNA病毒。DNA样本注释到的病毒主要为猪博卡病毒（PBoV），读数

比为34.5%，命名为PBoV-SDPD-2022；其余猪病相关病毒包括猪巨细胞病毒、猪乳腺腺病毒和猪细环病毒，读数比均小于

1.0%。基于全基因组、NS1基因和VP1基因构建的系统发育进化树均显示,PBoV-SDPD-2022与参考毒株PBoV3_VIRES

HuB01_C1处于同一分支，属于PBoVG3群。与21株参考毒株相比,PBoV-SDPD-2022NS1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序

列同源性分别为49.6%~97.2%和38.5%~95.3%；VP1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为47.9%~97.9%

和34.8%~98.8%；NP1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为35.2%~98.5%和26.9%~97.4%。与G3群参

考毒株相比，PBoV-SDPD-2022NS1蛋白在第654位点处有1个氨基酸的缺失；VP1蛋白在第151、152位点处有2个氨基酸的插

人，且包含基序YLCPF（VPIaa18~22）和HDLAY（VP1aa41~45）;NP1蛋白在第15、16.3536、212位点处发生氨基酸的缺失，

在第95位点处有1个氨基酸的插入。PCR检测证实样本核酸为PBoV阳性。结果表明，导致该养猪场仔猪腹泻的优势病原是

G3群PBoV。本试验有助于进一步了解我国PBoV基因组序列特征，并为未来PBoV流行病学调查提供了参考依据。

关键词：病毒宏基因组学；猪博卡病毒；遗传进化分析

中图分类号：S85文献标志码：A文章编号:0529-6005(2024)04-0050-07

DetectionofPorcineBocavirusbyViralMacrogenomicsandAnalysisofitsGeneticEvolution

SUNXiaoy.,SHANHu-,HUANGJuan.3

(1.CollegeofVeterinaryMedicineQingdaoAgriculturalUniversityQingdao266109China;2.ShandongProvincialKey

LaboratoryofPreventiveVeterinaryMedicine,Qingdao266109,China;3.ShandongProvincialVeterinaryMedicine

DiagnosticReagentEngineeringTechnologyResearchCenter,Qingdao266109,China)

Abstract:Inordertoexplorethepathogencausingdiarrheainpigletsonapigfarm,thisstudyprocessedandextractednucleic

acidsfromdiseasedpigletsamplesforvirusmetagenomicsequencing.Thesequencingresu