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组学数据标准
第3部分：RNA脑科学
1范围
本部分规定了组学数据中有关RNA脑科学数据元的数据元标识符、数据元名称、信息保护、定义、数据元值的数据类型、表示格式和数据元允许值、数据元值域的编码方法、代码表格式和表示要求、代码表的命名与标识。数据元目录包括RNA脑科学相关数据元。
本部分适用于组学中RNA脑科学数据信息的交换与共享。
2规范性引用文件
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其必威体育精装版版本（包括所有的修改单）适用于本文件。
T/SZGIA6.1—2019基因检测产品数据标准第1部分：通用标准
3术语和定义
T/SZGIA6.1—2019中界定的术语和定义适用于本文件。
4缩略语
PCR：PolymeraseChainReaction，聚合酶链式反应。
cDNA：complementaryDNA，互补脱氧核糖核酸。
FASTQ：是一种存储了生物序列以及相应的质量评价的文本格式。
rRNA：RibosomalRNA，核糖体RNA。
5数据元目录
5.1数据元公用属性
版本
V1.0
注册机构
华大基因大数据中心
相关环境
生物信息、生物大数据
分类模式
分类法
主管机构
华大基因大数据中心
注册状态
标准状态
提交机构
华大基因大数据中心
5.2数据元专用属性
数据元专用属性包括表型信息元数据目录、实验信息元数据目录、测序信息元数据目录、生物信息
分析元数据目录、质控信息元数据目录、分析结果元数据目录六部分。
表型信息元数据目录描述个体表型信息的数据元，例如物种名、脑亚区、脑区、左右脑、年龄（天）
等；
实验信息元数据目录描述实验过程中的数据元，例如分选细胞类型、目标群体比例、384板每板分
选时间、板数、PCR循环数、cDNA抽检、Tn5打断后PCR抽检、Pooling方案、片筛磁珠浓度等；
测序信息元数据目录描述测序过程中的数据元，例如测序任务单标识符、测序任务单名称、测序平
台名称、测序仪标识符、测序仪名称、芯片号等；
生物信息分析元数据目录描述生物信息分析过程中的数据元，例如结果数据存储路径、软件名称、
软件版本、软件参数等。
质控信息元数据目录描述整个测序过程质量监控的数据元，例如ERCC的reads比例、线粒体外显
子reads比例、rRNAreads比例、细胞平均reads数、基因间区reads比例、内含子reads比例等。
分析结果元目录描述分析结果的数据元，例如检测到的基因数、复杂度OR值、检测到的基因数、
细胞大类、细胞分类结果、鉴定细胞数量、测序饱和度等；
具体每个数据元的标识符、名称、定义、信息保护、单位、数据类型、数据元允许值见附录8.9。
6数据归档目录
6.1归档目录专用属性
6.1.1原始数据归档目录结构
RNA脑科学原始数据归档目录结构如表1所示：
表1RNA脑科学原始数据归档目录结构
第一级
第二级
第三级
project_id
subprojects_id
Fastq
project_id
subprojects_id
Fastq_qc
注1：每级目录情况说明见6.2。第一级目录为强制性目录，其他级目录为推荐性目录
6.1.2分析结果数据归档目录结构
RNA脑科学归档数据归档目录结构如表2所示：
表2RNA脑科学归档数据归档目录结构
第一级
第二级
第三级
第四级
第五级
project_id
subprojects_id
Transcriptomics
clean_data
project_id
subprojects_id
Transcriptomics
alignment
project_id
subprojects_id
Transcriptomics
expression
transcript
project_id
subprojects_id
Transcriptomics
expression
gene
project_id
subprojects_id
Transcriptomics
expression
exon
project_id
subprojects_id
Transcriptomics
expression
intron
project_id
subprojects_id
Transcriptomics
qc
fq_qc
project_id
subprojects_id
Transcriptomics
qc
bam_qc
注2：每级目录情况说明见6.3。第一级目录为强制性目录，其他级目录为推荐性目录。
6.2原始数据归档目录
本章节是对6.
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