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前列腺癌蛋白组学及基因组学相关文献综述

前列腺癌是男性最常见的癌症之一。

2019年，美国新增患者23万例，死亡患者近3万例[1]目前，针对的蛋白组学和基因组学研究非常广泛，发现表达差异具有统计学意义的基因数以千计，但其中仅少数可能与的发生发展相关[2]通过文献挖掘对癌症相关基因进行提取和整理，是癌症分子机制研究的良好方法。

但若文献挖掘只局限于摘要，且利用自动文献挖掘工具未免机械，在文章题目和摘要中未出现的差异基因可能被漏掉。

本研究通过检索蛋白组学及基因组学相关文献，阅读全文人工提取差异基因，并对其进行、通路等生物信息学分析，进一步挖掘可能与相关的基因和通路，从而为发生的分子机制研究提供依据。

1资料与方法

11文献纳入与排除标准纳入标准1研究对象为人组织或人细胞株；2提供差异蛋白或基因名称。

排除标准1某种干预措施对蛋白谱变化的影响研究；2未提供差异蛋白或基因名称；3文献综述。

12文献检索计算机检索数据库，检索策略[][],时间限定建库至2019年1月。

13资料提取文献中涉及与前列腺增生组织或细胞组、与邻近良性组织组、高评分与低评分组蛋白谱和基因谱的比较，提取差异基因或蛋白输入,,,20007,,按照统一名称。

14生物信息学分析

141差异基因的分析采用67,,在线工具分别对差异基因及各组的差异基因进行分析，探索共同出现的生物过程、细胞成分以及分子功能。

142差异基因的通路分析通过67,,在线工具分别对差异基因及各组的差异基因进行通路分析，探索共同出现的生物学通路。

2结果

21文献筛选结果检索数据库获得文献564篇，排除重复文献179篇，阅读文题和摘要排除282篇，阅读全文排除文献68篇，共纳入35篇文献[3-37],文献筛选流程见图1

22差异基因纳入文献提取差异基因764个，其中组差异基因162个，组差异基因423个，组差异基因209个，3组共同差异基因21个见表1报道大于4次的差异基因共14个，其中报道8次，1、各报道7次，、1、1、1、5和1各报道6次，1、、8、和1各报道5次。

组差异基因报道最多，为6次；组差异基因报道最多，为4次；组差异基因1、1、报道最多，均为3次。

23差异基因的分析分析结果显示，差异基因涉及的生物过程主要有细胞死亡调控、细胞增殖调控、创伤反应、蛋白质转运、稳态过程差异基因频数≥72,频率≥94,细胞成分主要涉及胞外区、膜封闭腔、细胞骨架、囊泡以及线粒体差异基因频数≥85,频率≥111,分子功能主要涉及核苷酸结合、钙离子结合、相同蛋白结合以及酶结合差异基因频数≥60,频率≥79,见表2。

对各组差异基因进行分析结果显示，各组差异基因共同涉及的生物过程主要有细胞死亡调控、细胞增殖调控、创伤反应以及稳态过程；共同涉及的细胞成分主要有胞外区、膜封闭腔、细胞骨架、囊泡以及线粒体；共同涉及的分子功能主要有钙离子结合、相同蛋白结合、结构分子活性以及肌动蛋白结合。

24差异基因的通路分析通路分析发现，差异基因主要参与癌症通路、黏着斑、肌动蛋白细胞骨架调控、信号等生物学通路差异基因频数≥29,频率≥38,见表3

对各组差异基因进行通路分析结果显示，各组差异基因共同参与的通路主要有黏着斑、补体及凝血级联、受体相互作用等生物学通路。

3讨论

目前，尚缺少通过文献挖掘对蛋白组学及基因组学差异基因数据进行整理并开展生物信息学分析的研究。

等采用文献挖掘工具对乳腺癌及正常组织蛋白组学和基因组学数据进行分析，确定了一组研究相对充分、在雌激素受体阴性肿瘤高表达的基因。

李铁求等通过文献挖掘对雄激素非依赖型特异表达基因进行生物信息学分析，发现9、等基因在雄激素依赖型转变为雄激素非依赖型过程中可能发挥重要作用。

本研究首次将与蛋白组学及基因组学数据整合，对更新至2019年1月的相关文献进行差异基因挖掘，并观察其在与、与邻近良性组织、高低评分不同分类比较中差异基因出现的频率，更直观地了解差异基因与癌症发生、发展、转移过程中的关联性。

本研究发现，所有差异基因中报道次数最多，同时也是与比较报道最多的差异基因，提示其可能与存在一定联系。

目前表明，高表达的是结肠癌、胃肠道间质瘤、子宫内膜癌等内皮细胞分化和肿瘤侵袭的高度敏感标志物[39]也有研究发现，在肿瘤早期毛细血管形成过程中持续高表达然而，组学实验结果发现，与组织比较，在组织中表达下调；同时，与局限性相比，在淋巴结转移中表达同样下调[5]这似乎与上文所述参与肿瘤血管内皮细胞形成互相矛盾，具体机制值得后续进一步研究。

另外，1、、、1、1、1、5、1、1、、8、以及1等差异基因被报道5次及以上，提示上述差异基因可能参与的发生发展过程。

在与邻近良性组织