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ImageJ 共定位分析的网址，插件需在官网下载保存至安装文件夹。
http://wwwfacilities.uhnresearch.ca/wcif/imagej/colour_analysis.htm#coloc_ica
一：共定位scatter plot 图 (需用Colocalisation Threshold 插件)
1．使用PS 将需要做共定位分析的单个细胞从共染图片中分离出来
2.使用Image J 打开该图片：File--Open
3. 分离荧光通道：Image—Color—Spilt Channels
结果会分离出三个荧光通道(blue green red),示例图中只有两个荧光通道（red
green ），所以blue 通道直接删去。
4.作共定位分析 ：Plugins—Colocalisation Threshold
会出现下图的窗口，channel1 和channel2 选择好red 和green 通道，勾选show scatter
plot,点击ok.
结果出现 Results 和 scatter plot 窗口，其中Rcolor 为 Pearson’s for image above
thresholds.
二 共定位的Plot Profile 图
1. 打开需分析的图片，分离荧光通道 Split channels ， 再合并荧光通道 Merge
channels,点击ok.
出现Composite 窗口，左上角有红色的c1/2 字样即为红色通道,滚动滚轮有绿色的
c2/2 字样此时即为绿色通道。
2. 使用直线工具画一条直线，Analyze—Plot Profile,出现下图
3. 滚动滚轮，在 Plot of Composite 窗口中选中Live, 即可切换到绿色通道的Plot
profile .
4.选中List 可得到数据，Edit—copy 可以将原始数据复制到origin 中作图。
5.最后origin 做出下图。
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