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分子进化分析;生物进化理论;自然选择理论： 阳性选择：促进有益突变； 阴性选择：清除有害突变； 中性理论： 阳性选择：少有； 阴性选择：普遍存在； 中性进化：普遍存在； ;研究生物进化历史的途径;分子进化;Out of Africa; 人类基因组测序后，推动了分子进化的进一步发展，基因表达和生物网络的进化研究内容不断出现, 拓展了分子进化分析的范畴 现有研究表明基因的进化可能不是独立进行的，而是受蛋白质互作或通路的限制，是一个协同进行的过程，这可能存在着多个基因的共同进化或者以模块的形式研究进化关系，这推动了从网络层面进行进化的研究 ;第一节 分子系统发生分析;两个序列间的核苷酸差异 （估计替代数） 对于一种同源的核酸分子来说，它在亲缘关系越近的生物之间差异就越小，相反差异 就越大，即两同源分子分歧的时间与它们之间的序列差异成正比。 同一条祖先序列传衍的两条后裔序列，它们的核苷酸差异随时间而增加。一个简便的描述序列分歧大小的测度是两条后裔序列中不同核苷酸位点的比例。 以下，我们称此估计为核苷酸间的p距离 ;2. 核苷酸替代数的估计 ;人与猕猴的细胞色素b基因间的核苷酸替代数 ;（二）氨基酸序列进化分析 ;P-distance;PC：泊松校正;泊松距离;P-距离 vs. 泊松距离;二、分子系统发生树的基本原理;祖先节点/树根;Taxon A;多序列比对（自动比对，手工校正）;1. 最大简约法 (maximum parsimony, MP) 适用序列有很高相似性时 2. 距离法 (distance) 适用序列有较高相似性时 3. 最大似然法 (maximum likelihood, ML) 可用于任何相关序列集合 计算速度： 距离法 最大简约法 最大似然法 ;;1. 最大简约法 (maximum parsimony，MP); 信息位点：能将所有可能的树区别出来的位点。 信息位点是指那些至少存在2个不同碱基/氨基酸且每个不同碱基/氨基酸至少出现两次的位点。;; Position 5, 7, 9为信息位点; 基于position 5的三个MP树: Tree 1长度为1，Tree 2 3长度为2 长度: 为不同碱基替代数 计算结果：MP tree的最优结果为tree 1;2. 距离法;简单的距离矩阵;由进化距离构建进化树的方法有很多，常见有： (1) Fitch-Margoliash Method (FM法): 对短支长非常有效 (2) Neighbor-Joining Method (NJ法/邻接法):求最短支长，最通用的距离方法 (3) Neighbors Relaton Method(邻居关系法) (4) Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA，非加权组平均法);进化树的可靠性分析; 从排列的多序列中随机有放回的抽取某一列，构成相同长度的新的排列序列； 重复上面的过程，得到多组新的序列； 对这些新的序列进行建树，再观察这些树与原始树是否有差异，以此评价建树的可靠性。 一般Bootstrap的值70，则认为构建的进化树较为可靠。 ;第二节，系统发育分析软件介绍;相关软件;Phylip软件包介绍;Phylip软件包介绍;现有8段protein序列： P1 MPRFAANLSMMFTEVPFIERFAAARKAGFDAVEFLFPYNYSTLQIQKQLE P2 MPRFEANLSMMFTEVPFAERFADARKAGFDAVEFLFPYCYSDLQIQCQLE P3 WPRFEANLSMMFTEVPFAERFADARKIGFDAEEFLFPYCYSDLQIQCQLE P4 MPCFAANLSMMFTEVPFIERFAAARKAGFDAVEFLFPYNYSTLQIQKQLE P5 MPRFEANLSMEFTAVPFIERFADARKAGFDAVEFLFPYCYSTLQIQKQLE P6 MPRFEANLSMMFTEVPFAERFADARKAGFDAEEFLFPYCYSDLQIQCQLE P7 MPRFEANLSMEFTEVPFIERFADARKAGFDAVEFLFPYCYSTLQIQKQLE P8 WPRFEANLSMMFTEVPFAERFADARKAGFDAEEFLFPYCYSDLQIQCQLE;;;第三步：打开PROTPARS（最大简约性法），输入Outfile文件： ;第四步：打开CONSENSE程序，输入outfile，运行输出treefile文件;树文件outtree.tre用TREEVIEW软件打开显示： ;第三节 分子进化与比较基因组学 ;（一）基因组测序计划 ;二、病毒基因组分析