生物信息学概论的案例1.pptVIP

MacClade By the Maddison brothers Mrbayes By John Huelsenbeck Fredrik Ronquist Features of Bayesian Method Handles complex models with many parameters Based on likelihood, statistically consistent Faster than ML method，can handle 50 taxon phylogeny Combine multiple types of data (DNA, protein，morphology, etc) 文件格式 只接受NEXUS格式 只输出NEXUS格式 用途 用来输入和编辑数据，生成NEXUS格式文件，供PAUP，MrBayes等程序使用 图形化显示和编辑进化树 性状进化分析 祖先性状重建 PAML By Ziheng Yang ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Usage of PAML Phylogeny analysis based on Likelihood Substitution model parameters estimation Likelihood ratio test (LRT) positive selection detection * 谢谢 Protein Interaction Prediction 用蛋白序列有哪些信誉好的足球投注网站各大相互作用数据库 BIND, STRING, DIP… Phylogenetic Analysis PHYLIP MEGA TreeView PAUP* MrBayes PAML PHYML … Phylip Joe Felsenstein “No Thanks to” 特点 发布早，使用非常广泛 命令行driven 能够处理各种类型的数据 包括除Bayesian之外的几乎所有方法 模块化 可批量处理 Flowchart 文件格式 输入均为PHYLIP格式 输出进化树文件为newick格式 (((1,2),3),4); (((1:1.0,2:2.0):1.0,3:2.0):1.0,4:1.0); MEGA Demo time… TreeView PAUP* By David Swoffold ??????????????????????????????????????????????????????????? ??????????????????????????????????????????????????????????? 特点 包括几乎所有构树方法 Bayes方法，蛋白序列的ML方法除外 在Mac上有良好的图形界面 MP方法有非常完善的参数设定及选项，MP树的最佳选择 ML方法也比较完善（结合Modeltest） 灵活的分析流程及参数设定，适合各种要求 100$ 文件格式 输入文件 NEXUS 输出文件 NEXUS, newick NEXUS format #NEXUS BEGIN DATA; dimensions ntax=5 nchar=664; format missing=? symbols=ABCDEFGHIKLMNPQRSTUVWXYZ interleave datatype=DNA gap= -; matrix O.lichuanensis TGAAACTTTGGCTCTTTTTTAGGCATCTGCTTGGTCGCCCA… O.rhodostigmatus TGAAACTTTGGCTCTCTTCTAGGCATCTGCCTAATTACCCA… O.popei TGAAATTTTGGTTCTCTTCTTGGCATCTGCTTAGCCACCCA… S.chintingenis TGAAATTTCGGCTCATTATTAGGGGTATGTTTGGTAGCCCA… S.boulengeri TGAAATTTCGGCTCATTATTAGGGGTATGTTTGGTAGCCCA… ; End; PAUP*批处理脚本示例 #nexus begin PAUP; log file=hsearchl.log; set autoclose=yes; hsearch start=stepwise