生物信息学概论的案例32.pptVIP

基因水平转移 生物信息学预测与实验验证 Tree of Life (生命之树) 网状树 细菌与生命之树 E. coli 基因水平转移（Horizontal gene transfer）？ 备择假设：基因丧失 Duplication event Lineage goes extinct (gene loss) gene loss gene loss C B A 1 2 3 利用系统发育树了解基因重复和丧失 基因树 将基因树叠加在物种树上来鉴定基因重复和丧失 Li et al. 2019. Briefings in Bioinformatics 6(4):394-401. 2019 409:860-921 Nature Hundreds of genes appear to have resulted from horizontal gene transfer from bacteria… 2019 411:1013-1014 Nature 加入盘基网柄菌的Blast及系统发育分析 盘基网柄菌(Dictyostelium discoideum) —— 真核生物中最简洁的基因组之一 大花草属（Rafflesia） 全寄生植物大花草的系统发育位置 基因水平转移：从早期陆地植物到被子植物的基出类群 高等植物间的基因水平转移：从菟丝子到番茄 综述: 植物间的基因水平转移 肉苁蓉? 肉苁蓉与梭梭间的基因水平转移证据 叶绿体基因组结构与 rpoC2 基因水平转移 Genome data of Schistosoma at Shanghai Center for Bioinformation Technology (scbit.org/) 血吸虫? Phylogenomics of metazoan（300,000 bp) Zhou Y et al, 2009, Nature 黄独脚金（Striga hermonthica）玄参科 *