生物信息学 教学大纲.docxVIP

第 PAGE \* Arabic 1 页/ 共 NUMPAGES \* Arabic 3 页 生物信息学 一、课程说明 课程编号：030412Z10 课程名称（中/英文）：生物信息学/Bioinformatics 课程类别：专业选修课 学时/学分：24/2 先修课程：生物学、生物化学、遗传学、分子生物学、生物统计学、计算机技术应用 适用专业：生物工程、微生物、生命科学、医学 教材、教学参考书： 教材： [1] 孙啸、陆祖宏、谢建明编.生物信息学基础.清华大学出版社，2005年; [2] 王禄山、高培基编.生物信息学应用技术.化学工业出版社，2008年; 参考书： [3] 李衍达,孙之荣等译.生物信息学:基因和蛋白质分析的实用指南.清华大学出版社,2000； [4] 阎隆飞,孙之荣主编.蛋白质分子结构(第一版). 清华大学出版社, 1999； [5] 郭政,李霞,李晶编著.计算分子生物学与基因组信息学.黑龙江科学技术出版社,1998； [6] David W.Mount 编著.生物信息学-序列与基因组分析(影印版).科学出版社,2002; [7] 郝柏林,张淑誉编著.生物信息学手册. 上海科学技术出版社,2002 二、课程设置的目的意义 给学生介绍生物信息学的主要内容以及未来可能的发展方向，为学生构建相关知识体系，开阔学生的视野，为将来进一步学习、科研打下基础。让学生了解生物信息学的基本研究方法，并能掌握应用其中的一些常用方法，以提高学生的科研能力，领会采用信息学技术去分析和探索大量核酸和蛋白质序列所蕴藏的生命意义的基本思路。学习运用计算机软件来分析生物学问题，提高用理论来辅助、提高实验的设计和数据分析水平，加强对分子生物学实验结果的预测与分析等等的能力。 三、课程的基本要求 本课程应用性、实践性和操作性很强、对计算机水平要求较高。生物信息学的发源和领先地区又多在国外，大量的生物信息学数据库已经网络化，主要软件都由国外开发，因此对英语水平也有一定要求。考虑到这些特点，为实现本大纲的要求，应积极采用新教材、多媒体及计算机辅助教学等先进教学手段，同时注意提醒、强化学生的计算机和英语应用水平，提高教学效果。在教学过程中，要注意前修课程和后续课程的联系（包括生物专业英语）。 ①本课程是生物类专业高年级的课程，学生在生物领域已经有了相当基础知识，因此教学重点应放在几大学科（生物学、计算机学、信息学、统计学等）知识的综合上，着重讨论学科的交叉运用，注意对分子生物学知识的回顾、联系和应用。 ②对于生物信息学中的基本研究方法的学习，应是教师介绍、课堂讨论、课后作业相结合，通过学生的实践，深入掌握这些研究方法，能理解其算法，培养学生分析问题和解决问题的能力。重点、难点要突出。注意理论联系实际。 ③结合实际，介绍并提供当前热门的生物信息软件，并布置作业，让学生课下和课后实习。 四、教学内容、重点难点及教学设计 章节 教学内容 总 学 时 学时分配 教学重点 教学难点 教学方案设计（含教学方法、教学手段） 讲课 (含研讨) 实践 第1章 生物信息学 引论 2 2 　 发展历史和学科 分类 生物信息的概念 多媒体讲解 第2章 生物分子 数据库 2 2 　 生物分子数据库类型和常用数据库 序列数据库有哪些信誉好的足球投注网站 原理 多媒体讲解 第3章 序列比较 4 4 全局比对和计分 矩阵 动态规划比对算法 多媒体讲解、工具操作 演示 第4章 DNA序列分析 4 4 基因和序列特征识别算法 隐马尔科夫链序列特征识别 多媒体讲解、工具操作 演示 第5章 系统发生分析 4 4 系统发生分析算法类型 启发式分析算法 多媒体讲解、工具操作 演示 第6章 蛋白质结构 预测 2 2 蛋白质结构预测 方法 同源建模 多媒体讲解 第7章 高通量测序数据分析 2 2 高通量测序数据分析流程 途径模型重构 多媒体讲解 第8章 数据挖掘与基因表达 2 2 基因表达谱分析 转录组 分析 多媒体讲解 第9章 生物信息软件与网站 2 2 软件与网站类型 常用软件与网站 使用 多媒体讲解、工具操作 演示 注：实践包括实验、上机等 五、实践教学内容和基本要求 无。 六、考核方式及成绩评定 根据课程类型、课程性质、课程内容及特点，确定适合的考核内容、考核方式及成绩评定。考核内容重点考核学生获取知识的能力、应用所学知识分析问题和解决问题能力、实践动手能力和创新能力等；考核方式采用多种形式（笔试、口试、答辩、测验、论文等）、多个阶段（平时测试、作业测评、课外阅读、社会实践、期末考核等）、多种类型（作品、课堂实训、课堂讨论、社会调查、竞赛等）等全过程的考核；成绩评定加大过程考核及阶段性考核成绩比例（原则上≥40%），减少期末成绩的占分比例。 考核内容 考核方式 成绩比例（%） 备注 基本