家蚕核型多角体病毒编码的mirna及其功能初步分析-mirna encoded by bombyx mori nuclear polyhedrosis virus and its function preliminary analysis.docxVIP

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2018-05-28 发布于上海
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家蚕核型多角体病毒编码的mirna及其功能初步分析-mirna encoded by bombyx mori nuclear polyhedrosis virus and its function preliminary analysis.docx

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家蚕核型多角体病毒编码的mirna及其功能初步分析-mirna encoded by bombyx mori nuclear polyhedrosis virus and its function preliminary analysis

differentORFscouldbeidentifiedbyRT-PCR,and3ofthemwerethepositivesequencesandtheother4werereverseones.PredictionoftargetgenesofBmNPVmiRNAsinthevirusgenome.ByusingonlineRNAtargetgenepredictionprogramsRNAhybridcombinedwithRNA22software,viraltargetgenesoftheabove13BmNPVmiRNAswereanalysedand28potentialviraltargetgeneswerepredicted.Inwhich4areenvelopeproteincodinggenes,3arethecapsidproteincodinggenes,5ofthemarelef-5,lef-6,SOD,PolyhedrinandGP37codinggenes,andtheother16areunknownfunctiongenes.ThereforeweconsiderthatBmNPVmiRNAsmaybeinvolvedintheprocessofhostinfection.AnalysisoffunctionofBmNPVmiRNAsm1andm2.ByapplyingonlineRNAtargetgenepredictionprogramsRNAhybrid,targetgenesofBmNPVmiRNAsm1andm2werepredicted.Thentheprecursorsequencesofm1,m2andthe3’-UTRsequencesofpredictedtargetgeneswereamplifiedbyPCRfromthegenomeofBmNPV.ThepcDNArecombinantplasmidexpressingm1andm2miRNAsandPGLrecombinantplasmidsexpressingthe3’-UTRofthetargetgeneswereconstructedrespectivelyandco-transfectedtoBmNcells.Theanalysisofdualluciferasereportergeneassaysystemshowedthatoverexpressionofm1downregulatedexpressionofPGL-38k3’-UTRby14%,overexpressionofm2ownregulatedexpressionofPGL-Polyhedrin3-UTRandPGL-ODV-EC273-UTRby9.8%and9.2%,respectively.Itsuggeststhat38KandPolyhedrin,ODV-EC27arethepossibletargetgenesofm1andm2separately.Keywords:Bombyxmorinuclearpolyhedrosisvirus(BmNPV);miRNA;VMir;High-throughputsequencing;Targetgene江苏科技大学学位论文原创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品成果。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：年月日江苏科技大学学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权江苏科技大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。本学位论文属于：(1)必威体育官网网址□，在年解密后适用本授权书。(2)不必威体育官网网址□。学位论文作者签名：指导教师签名：年月日年月日第1章绪论miRNA的研究现状miRNA的发现与命名microRNAs(miRNAs)是一类保守的、大小为21～25nt的非编码RNA，它们通过切割与其互补的mRNA或是影响mRNA的翻译来调节基因的表达。1993年，首次在C.elegan线虫中发现miRNAlin-4[1]。2000年，Reinhart等又在线虫C.elegan中发现第二个异时性开关基因let-7[2]，从而展开了miRNA的研究。至今，miRbase数据库(http://microrn