PFGE数据管理教学课件和分析软件BioNumerics介绍.ppt

PFGE数据管理和分析软件BioNumerics Bionumerics 一套用于综合研究生物学关系的工具软件 BioNumerics功能 生物体的分类数据、分型数据、和基因组数据的关系型数据库 存储每一个被研究生物体的多种不同数据集（“不同实验得到的结果”）的能力 数据导入和导出 统计学分析，比较和鉴定功能 把由不同方法得到的数据组合成单一数据进行分析的能力 基于Internet的数据交换 我们能存储什么？ 我们能做什么？ 数据的分析、联接和输入 PFGE图谱的分析 拷贝TIFF到数据库 单击选定建立好的PFGE数据库 拷贝TIFF到数据库 拷贝TIFF到数据库 拷贝TIFF到数据库 PFGE凝胶图谱的要求 TIFF images of gels(e.g. PFGE) 8，12或者16位深度的灰度图 图谱大小要统一(统一的成像设备) PFGE图谱的分析 分析TIFF图谱 Convert TIFF to Gel Strips Convert TIFF to Gel Strips Convert TIFF to Gel Strips Convert TIFF to Gel Strips Convert TIFF to Gel Strips Convert TIFF to Gel Strips Define Curves Normalize the Gel Normalize the Gel Normalize the Gel Normalize the Gel Find the Bands Find the Bands Find the Bands PFGE图谱的分析 联接Lanes到数据库 PFGE图谱的分析 添加菌株信息 完成 批量导入导出数据 哪些数据可以批量导入导出 存储在Excel或者Access数据 数据库字段 字符数据(药敏、MLVA) 序列数据 批量导入数据 整理Excel文件 创建ODBC连接 下载数据 整理Excel文件 批量导入数据 整理Excel文件 创建ODBC连接 下载数据 创建ODBC连接 创建ODBC连接 创建ODBC连接 创建ODBC连接 批量导入数据 整理Excel文件 创建ODBC连接 下载数据 下载数据 批量导出数据 批量导出数据 批量导出数据 批量导出数据 批量导出数据 如何实现数据共享？ 数据库共享工具（DST） Bundles / XML文件 一种简单易行的信息共享方式（e.g. 通过E-mail交换） 可连接的数据库（ODBC） 允许不同的工作者同时共享数据库资源 Bionumerics Server 建立基于Internet之上Client-Server模式的管理工具 DST:Bundles / XML文件 将指定的所有信息“打包”成单一的、方便的文件 DST:可连接的数据库 DST:Bionumerics Server DST:Bionumerics Server DST:Bionumerics Server 一套Bionumerics Server 可以服务于多个数据库 一个数据库可以多用户登陆 每一个用户都可以有个性化的访问设置 哪些数据库可用 哪些功能可用 每一次访问情况都被详细记录下来 下载的数据量 鉴定的次数 拷贝TIFF到数据库 分析TIFF图谱 Convert TIFF to Gel Strips Define Curves Normalize the Gel Find the Gel bands 联接Lanes到数据库 添加菌株信息 根据数据库设定 好的字段添加数 据信息，数据库 字段可以根据需 要扩充 如果数据量很 大，用字段描 述有难度，那 么则可以为此 条记录添加 “附件” 一定要包含Key Database ? ODBC link ? Configue external database link 点击“Select”开始建立连接 双击“Excel Files” 选择Excel files 填写对应的工作表名 点击OK确认连接项目 Database ? ODBC link ? Copy from external database… 查找需要导出的数据，比如“Jiangsu”的所有记录 Create new Comparison Export database fields 选择“是” Ctrl+A 选择所有内容，Ctrl+C 拷贝 打开Excel空白表? 粘贴 OK 数据库字段 实验数据 序列 … 用户自定义的 “打包”而成的Bundle可以在任何其他的BN数据库中打开 + 容易实现 + 对所共享的内容有完全的控制权 - 不是数据库本身的组成部分 - 只读的 Analysis An